Пакунок: r-bioc-deseq2 (1.42.1+dfsg-1 and others)

[ Source: r-bioc-deseq2  ]

R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

Differential gene expression analysis based on the negative binomial distribution. Estimate variance-mean dependence in count data from high-throughput sequencing assays and test for differential expression based on a model using the negative binomial distribution.

Інші пакунки пов'язані з r-bioc-deseq2

• dep: libblas3

  Реалізації основних підпрограм лінійної алгебри (колективна бібліотека)

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [not alpha, ia64, riscv64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, hppa, ia64, sh4]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgfortran5 (>= 8) [sparc64]

  Виконавча бібліотека для застосунків GNU Fortran

• dep: liblapack3

  Бібліотека підпрограм лінійної алгебри вер. 3 — колективна версія

  or liblapack.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not x32]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

  Пакунок недоступний

• dep: r-api-bioc-3.18 [not x32]

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-2) [x32]

  GNU R core of statistical computation and graphics system

• dep: r-bioc-biobase

  base functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.7.5)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-geneplotter [x32]

  R package of functions for plotting genomic data

• dep: r-bioc-genomicranges

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

• dep: r-bioc-matrixgenerics [not x32]

  S4 Generic Summary Statistic Functions that Operate on Matrix-Like Objects

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.23.18)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.1.6)

  BioConductor assay container

• dep: r-cran-ggplot2 [x32]

  implementation of the Grammar of Graphics

  dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.4.0) [not x32]

• dep: r-cran-locfit

  GNU R local regression, likelihood and density estimation

• dep: r-cran-matrixstats

  GNU R methods that apply to rows and columns of a matrix

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.11.0)

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: r-cran-rcpparmadillo

  GNU R package for Armadillo C++ linear algebra library

• sug: r-bioc-glmgampoi

  GNU R fit a Gamma-Poisson generalized linear model

• sug: r-bioc-tximeta

  Transcript Quantification Import with Automatic Metadata

• sug: r-bioc-tximport

  transcript-level estimates for biological sequencing

• sug: r-bioc-tximportdata

  GNU R various transcript abundance quantifiers

• sug: r-cran-biocmanager

  access the Bioconductor project package repository

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-pbapply

  GNU R package providing progress bars for vectorized R functions

• sug: r-cran-pheatmap

  GNU R package to create pretty heatmaps

• sug: r-cran-rcolorbrewer

  GNU R package providing suitable color palettes

• sug: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

Завантажити r-bioc-deseq2

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	1.42.1+dfsg-1	1,231.0 kB	1,740.0 kB	[список файлів]
amd64	1.42.1+dfsg-1	1,237.3 kB	1,716.0 kB	[список файлів]
arm64	1.42.1+dfsg-1	1,224.5 kB	1,740.0 kB	[список файлів]
armel	1.42.1+dfsg-1	1,229.9 kB	1,706.0 kB	[список файлів]
armhf	1.42.1+dfsg-1	1,227.8 kB	1,642.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	1.42.1+dfsg-1	1,234.4 kB	1,718.0 kB	[список файлів]
i386	1.42.1+dfsg-1	1,246.1 kB	1,742.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	1.42.1+dfsg-1	1,254.7 kB	1,916.0 kB	[список файлів]
mips64el	1.42.1+dfsg-1	1,226.9 kB	1,748.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	1.42.1+dfsg-1	1,237.9 kB	1,808.0 kB	[список файлів]
ppc64el	1.42.1+dfsg-1	1,237.7 kB	1,804.0 kB	[список файлів]
riscv64	1.42.1+dfsg-1	1,238.0 kB	1,679.0 kB	[список файлів]
s390x	1.42.1+dfsg-1	1,240.6 kB	1,731.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	1.42.1+dfsg-1	1,256.3 kB	1,738.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	1.42.1+dfsg-1	1,222.1 kB	2,514.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	1.38.3+dfsg-1	1,258.9 kB	1,736.0 kB	[список файлів]