Пакунок: physamp (1.1.0-5)

[ Source: physamp  ]

sample sequence alignment corresponding to phylogeny

The PhySamp package currently contains two programs: bppphysamp, which samples sequences according to their similarity, and bppalnoptim, which samples a sequence alignment by removing sequences in order to maximize the number of sites suitable for a given analysis. The bppalnoptim program has three running modes:

 * Interactive: the user will be iteratively proposed a set of choices
   for sequence removal, with their corresponding site gains. The
   procedure stops when the user does not want to remove more sequences,
   and the resulting filtered alignment is written.
 * Automatic: the user enters an a priori criterion for stopping
   the filtering procedure (for instance a minimum number of
   sequences to keep).
 * Diagnostic: this mode allows one to plot the trade-off curve, by
   showing the site gain as a function of the number of removed
   sequences.

Інші пакунки пов'язані з physamp

• dep: libbpp-core4t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Core library

• dep: libbpp-phyl12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetic library

• dep: libbpp-seq12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence library

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

Завантажити physamp

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	181.2 kB	1,893.0 kB	[список файлів]
amd64	182.3 kB	1,774.0 kB	[список файлів]
arm64	175.9 kB	1,826.0 kB	[список файлів]
armel	169.6 kB	1,724.0 kB	[список файлів]
armhf	170.5 kB	1,660.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	186.0 kB	1,807.0 kB	[список файлів]
i386	185.3 kB	1,768.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	193.3 kB	1,996.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	178.1 kB	1,752.0 kB	[список файлів]
mips64el	177.9 kB	1,912.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	187.3 kB	1,954.0 kB	[список файлів]
ppc64el	186.1 kB	1,890.0 kB	[список файлів]
riscv64	182.1 kB	1,714.0 kB	[список файлів]
s390x	181.0 kB	1,790.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	188.5 kB	1,826.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	170.3 kB	3,497.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	180.4 kB	1,740.0 kB	[список файлів]