Пакунок: mafft (7.505-1 and others)

[ Source: mafft  ]

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

MAFFT is a multiple sequence alignment program which offers three accuracy-oriented methods:

 * L-INS-i (probably most accurate; recommended for <200 sequences;
   iterative refinement method incorporating local pairwise alignment
   information),
 * G-INS-i (suitable for sequences of similar lengths; recommended for
   <200 sequences; iterative refinement method incorporating global
   pairwise alignment information),
 * E-INS-i (suitable for sequences containing large unalignable regions;
   recommended for <200 sequences),

and five speed-oriented methods:

 * FFT-NS-i (iterative refinement method; two cycles only),
 * FFT-NS-i (iterative refinement method; max. 1000 iterations),
 * FFT-NS-2 (fast; progressive method),
 * FFT-NS-1 (very fast; recommended for >2000 sequences; progressive
   method with a rough guide tree),
 * NW-NS-PartTree-1 (recommended for ∼50,000 sequences; progressive
   method with the PartTree algorithm).

Tags: Biology: Clustal/ALN, Proteins, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::plaintext, Works with: Biological Sequence

Інші пакунки пов'язані з mafft

• dep: libc6 (>= 2.29) [not alpha, ia64, riscv64, sh4]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.33) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

• dep: perl

  Мова Практичного Видобування та Побудування Звітів Лари Уолла (Larry Wall)

• rec: blast2

  Пакунок недоступний

• rec: libwww-perl

  Простий й послідовний програмний інтерфейс до всесвітнього павутиння

• rec: lynx

  класичний неграфічний (текстовий) вебоглядач

• rec: ruby

  Interpreter of object-oriented scripting language Ruby (default version)

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

Завантажити mafft

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	7.505-1	1,032.8 kB	15,184.0 kB	[список файлів]
amd64	7.505-1	1,052.5 kB	11,920.0 kB	[список файлів]
arm64	7.505-1	911.0 kB	12,026.0 kB	[список файлів]
armel	7.505-1	916.0 kB	12,403.0 kB	[список файлів]
armhf	7.505-1	765.3 kB	9,139.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	7.505-1	890.5 kB	11,092.0 kB	[список файлів]
i386	7.505-1	983.3 kB	13,119.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	7.505-1	1,103.2 kB	24,053.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	7.505-1	968.3 kB	10,923.0 kB	[список файлів]
mips64el	7.505-1	873.9 kB	14,427.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	7.505-1	1,036.3 kB	16,784.0 kB	[список файлів]
ppc64el	7.505-1	1,019.2 kB	16,336.0 kB	[список файлів]
riscv64	7.505-1+b1	1,085.5 kB	9,760.0 kB	[список файлів]
s390x	7.505-1	891.0 kB	13,010.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	7.505-1	879.0 kB	11,959.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	7.505-1	1,056.5 kB	33,604.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	7.505-1	1,041.3 kB	11,379.0 kB	[список файлів]