all options
jessie  ] [  stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Source: idba  ]

Пакунок: idba (1.1.3-3)

Links for idba

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package idba:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

iterative De Bruijn Graph short read assemblers

IDBA stands for iterative de Bruijn graph assembler. In computational sequence biology, an assembler solves the puzzle coming from large sequencing machines that feature many gigabytes of short reads from a large genome.

This package provides several flavours of the IDBA assembler, as they all share the same source tree but serve different purposes and evolved over time.

IDBA is the basic iterative de Bruijn graph assembler for second-generation sequencing reads. IDBA-UD, an extension of IDBA, is designed to utilize paired-end reads to assemble low-depth regions and use progressive depth on contigs to reduce errors in high-depth regions. It is a generic purpose assembler and especially good for single-cell and metagenomic sequencing data. IDBA-Hybrid is another update version of IDBA-UD, which can make use of a similar reference genome to improve assembly result. IDBA-Tran is an iterative de Bruijn graph assembler for RNA-Seq data.

Інші пакунки пов'язані з idba

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Завантажити idba

Завантаження для всіх доступних архітектур
Архітектура Розмір пакунка Розмір після встановлення Файли
alpha (unofficial port) 385.1 kB2,951.0 kB [список файлів]
amd64 371.8 kB2,571.0 kB [список файлів]
arm64 333.1 kB2,191.0 kB [список файлів]
armel 319.3 kB2,199.0 kB [список файлів]
armhf 329.5 kB1,575.0 kB [список файлів]
hppa (unofficial port) 413.8 kB2,863.0 kB [список файлів]
hurd-i386 419.7 kB2,823.0 kB [список файлів]
i386 417.7 kB2,831.0 kB [список файлів]
kfreebsd-amd64 371.1 kB2,559.0 kB [список файлів]
kfreebsd-i386 419.9 kB2,819.0 kB [список файлів]
mips 390.8 kB3,238.0 kB [список файлів]
mips64el 387.0 kB3,212.0 kB [список файлів]
mipsel 402.8 kB3,242.0 kB [список файлів]
ppc64 (unofficial port) 380.2 kB3,227.0 kB [список файлів]
ppc64el 381.4 kB3,035.0 kB [список файлів]
riscv64 (unofficial port) 370.8 kB1,863.0 kB [список файлів]
s390x 332.9 kB2,703.0 kB [список файлів]
sparc64 (unofficial port) 309.3 kB2,355.0 kB [список файлів]
x32 (unofficial port) 361.4 kB2,319.0 kB [список файлів]