Пакунок: bowtie (1.3.1-3 and others)

Links for bowtie

Debian Resources:

Download Source Package bowtie:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Steffen Moeller (QA Page)
Andreas Tille (QA Page)
Ognyan Kulev (QA Page)
Stephan Struckmann (QA Page)
Alexandre Mestiashvili (QA Page)

External Resources:

Homepage [bowtie-bio.sourceforge.net]

Similar packages:

Ultrafast memory-efficient short read aligner

This package addresses the problem to interpret the results from the latest (2010) DNA sequencing technologies. Those will yield fairly short stretches and those cannot be interpreted directly. It is the challenge for tools like Bowtie to give a chromosomal location to the short stretches of DNA sequenced per run.

Bowtie aligns short DNA sequences (reads) to the human genome at a rate of over 25 million 35-bp reads per hour. Bowtie indexes the genome with a Burrows-Wheeler index to keep its memory footprint small: typically about 2.2 GB for the human genome (2.9 GB for paired-end).

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Наука: science::calculation, scope::utility, Purpose: Analysing, use::comparing, works-with::biological-sequence

Інші пакунки пов'язані з bowtie

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
also a virtual package provided by libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

dep: libc6 (>= 2.17) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, hppa, sh4, x32]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x]

Допоміжна бібліотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]
dep: libgcc1 [x32]

Пакунок недоступний

dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [sh4]
dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

Пакунок недоступний
dep: libstdc++6 [x32]

Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not hppa, sh4, x32]

dep: libstdc++6 (>= 4.4.0) [hppa, sh4]
dep: python3 [not hppa, sh4, x32]

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6) [not hppa, sh4, x32]

Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

sug: bowtie-examples

Examples for bowtie, the ultrafast memory-efficient short read aligner

Завантажити bowtie

Завантаження для всіх доступних архітектур
Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	1.3.1-3	1,333.8 kB	8,673.0 kB	[список файлів]
amd64	1.3.1-3	1,588.9 kB	6,845.0 kB	[список файлів]
arm64	1.3.1-3	1,218.5 kB	6,481.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	1.0.0-6	894.0 kB	3,548.0 kB	[список файлів]
mips64el	1.3.1-3	1,050.6 kB	8,129.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	1.3.1-3	1,328.0 kB	8,145.0 kB	[список файлів]
ppc64el	1.3.1-3	1,370.8 kB	7,889.0 kB	[список файлів]
riscv64	1.3.1-3	1,510.0 kB	5,365.0 kB	[список файлів]
s390x	1.3.1-3	1,530.6 kB	6,969.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	1.0.0-6	860.1 kB	3,077.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	1.3.1-3	1,149.4 kB	14,721.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	1.0.1-2	878.8 kB	3,264.0 kB	[список файлів]