all options
stretch  ] [  buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  sid  ]
[ Source: barrnap  ]

Пакунок: barrnap (0.9+dfsg-1)

Links for barrnap

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package barrnap:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

rapid ribosomal RNA prediction

Barrnap (BAsic Rapid Ribosomal RNA Predictor) predicts the location of ribosomal RNA genes in genomes. It supports bacteria (5S,23S,16S), archaea (5S,5.8S,23S,16S), mitochondria (12S,16S) and eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S).

It takes FASTA DNA sequence as input, and writes GFF3 as output. It uses the NHMMER tool that comes with HMMER 3.1 for HMM searching in RNA:DNA style. Multithreading is supported and one can expect roughly linear speed-ups with more CPUs.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::perl, interface::commandline, Role: Program, Purpose: use::searching, works-with::biological-sequence

Інші пакунки пов'язані з barrnap

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Завантажити barrnap

Завантаження для всіх доступних архітектур
Архітектура Розмір пакунка Розмір після встановлення Файли
all 199.2 kB1,440.0 kB [список файлів]