Пакунок: python-pyfaidx (0.5.5.2-1)

[ Source: python-pyfaidx  ]

efficient random access to fasta subsequences for Python

Samtools provides a function "faidx" (FAsta InDeX), which creates a small flat index file ".fai" allowing for fast random access to any subsequence in the indexed FASTA file, while loading a minimal amount of the file in to memory. This Python module implements pure Python classes for indexing, retrieval, and in-place modification of FASTA files using a samtools compatible index. The pyfaidx module is API compatible with the pygr seqdb module. A command-line script "faidx" is installed alongside the pyfaidx module, and facilitates complex manipulation of FASTA files without any programming knowledge.

This package provides the Python 2 modules to access fasta files.

Інші пакунки пов'язані з python-pyfaidx

• dep: python

  Інтерактивна об'єктно-орієнтована мова високого рівня (гілка 2.x)

• dep: python-pkg-resources

  Виявлення пакунків та доступ до ресурсів використовуючи pkg_resources

• dep: python-six

  Бібліотека сумісності Python 2 та 3 (інтерфейс Python 2)

Завантажити python-pyfaidx

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
all	23.3 kB	112.0 kB	[список файлів]