Пакунок: srst2 (0.2.0-8)

[ Source: srst2  ]

Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens

This program is designed to take Illumina sequence data, a MLST database and/or a database of gene sequences (e.g. resistance genes, virulence genes, etc) and report the presence of STs and/or reference genes.

Інші пакунки пов'язані з srst2

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: cd-hit

  suite of programs designed to quickly group sequences

• dep: python3

  Інтерактивна обʼєктно-орієнтована мова високого рівня (типова версія „python3“)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-scipy

  scientific tools for Python 3

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• rec: python3-rpy2

  Python3 interface to the GNU R language and environment (version 2)
  also a virtual package provided by python3-rpy2

Завантажити srst2

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	59.7 kB	255.0 kB	[список файлів]
arm64	59.7 kB	255.0 kB	[список файлів]
mips64el	59.7 kB	255.0 kB	[список файлів]
ppc64el	59.7 kB	255.0 kB	[список файлів]