Пакунок: salmon (1.4.0+ds1-1 and others)

[ Source: salmon  ]

wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data

Salmon is a wicked-fast program to produce a highly-accurate, transcript-level quantification estimates from RNA-seq data. Salmon achieves is accuracy and speed via a number of different innovations, including the use of lightweight alignments (accurate but fast-to-compute proxies for traditional read alignments) and massively-parallel stochastic collapsed variational inference. The result is a versatile tool that fits nicely into many different pipelines. For example, you can choose to make use of the lightweight alignments by providing Salmon with raw sequencing reads, or, if it is more convenient, you can provide Salmon with regular alignments (e.g. computed with your favorite aligner), and it will use the same wicked-fast, state-of-the-art inference algorithm to estimate transcript-level abundances for your experiment.

Інші пакунки пов'язані з salmon

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)

  Операції з файловою системою (переносимі шляхи, операції з теками тощо) на Сі++

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

  Бібліотека Boost.Iostreams

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  Бібліотека параметрів програми на Сі++

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64]

• dep: libjemalloc2 (>= 5.0.0)

  Реалізація масштабованого одночасного malloc(3) загального призначення

• dep: libjs-sphinxdoc (>= 2.4.3-5~)

  JavaScript support for Sphinx documentation

• dep: libstaden-read14 (>= 1.14.12)

  Staden library for reading and writing DNA sequencing results

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: libtbb2 (>= 2017~U7) [amd64]

  parallelism library for C++ - runtime files

  dep: libtbb2 (>= 2020.3) [arm64]

• dep: sphinx-rtd-theme-common (>= 0.5.1+dfsg)

  sphinx theme from readthedocs.org (common files)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

Завантажити salmon

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	1.4.0+ds1-1+b4	2,168.9 kB	8,433.0 kB	[список файлів]
arm64	1.4.0+ds1-1+b4	1,998.2 kB	7,121.0 kB	[список файлів]