Пакунок: reapr (1.0.18+dfsg-5)

[ Source: reapr  ]

universal tool for genome assembly evaluation

REAPR is a tool that evaluates the accuracy of a genome assembly using mapped paired end reads, without the use of a reference genome for comparison. It can be used in any stage of an assembly pipeline to automatically break incorrect scaffolds and flag other errors in an assembly for manual inspection. It reports mis-assemblies and other warnings, and produces a new broken assembly based on the error calls.

The software requires as input an assembly in FASTA format and paired reads mapped to the assembly in a BAM file. Mapping information such as the fragment coverage and insert size distribution is analysed to locate mis-assemblies. REAPR works best using mapped read pairs from a large insert library (at least 1000bp). Additionally, if a short insert Illumina library is also available, REAPR can combine this with the large insert library in order to score each base of the assembly.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, User Interface: Command Line, Role: role::program, works-with::biological-sequence

Інші пакунки пов'язані з reapr

• dep: bamtools

  toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [not amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libfile-copy-link-perl

  Perl extension for replacing a link by a copy of the linked file

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [not armel, armhf]

  Пакунок недоступний

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [not amd64, arm64]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [amd64, arm64]

• dep: libtabixpp0 (>= 1.0.0)

  C++ wrapper to tabix indexer

• dep: r-base

  GNU R — система для статистичних обчислень та представлення даних в графічному вигляді

• dep: samtools (>= 1.3)

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: smalt

  Sequence Mapping and Alignment Tool

• dep: snpomatic

  fast, stringent short-read mapping software

• dep: tabix

  generic indexer for TAB-delimited genome position files

Завантажити reapr

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	197.2 kB	1,052.0 kB	[список файлів]
arm64	172.2 kB	904.0 kB	[список файлів]
armel	164.0 kB	802.0 kB	[список файлів]
armhf	166.7 kB	646.0 kB	[список файлів]
i386	202.2 kB	1,010.0 kB	[список файлів]
mips64el	187.6 kB	1,135.0 kB	[список файлів]
mipsel	188.5 kB	1,073.0 kB	[список файлів]
ppc64el	191.6 kB	1,604.0 kB	[список файлів]