Пакунок: quicktree (2.5-5)

[ Source: quicktree  ]

Neighbor-Joining algorithm for phylogenies

QuickTree is an efficient implementation of the Neighbor-Joining algorithm (PMID: 3447015), capable of reconstructing phylogenies from huge alignments in time less than the age of the universe.

QuickTree accepts both distance matrix and multiple-sequence-aligment inputs. The former should be in PHYLIP format. The latter should be in Stockholm format, which is the native alignment format for the Pfam database. Alignments in various formats can be converted to Stockholm format with the sreformat program, which is part of the HMMer package (hmmer.org).

The tress are written to stdout, in the Newick/New-Hampshire format use by PHYLIP and many other programs

Інші пакунки пов'язані з quicktree

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• sug: hmmer

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis

  or hmmer2

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis

Завантажити quicktree

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	20.5 kB	56.0 kB	[список файлів]
arm64	19.2 kB	56.0 kB	[список файлів]
armel	19.8 kB	56.0 kB	[список файлів]
armhf	17.5 kB	44.0 kB	[список файлів]
i386	21.3 kB	60.0 kB	[список файлів]
mips64el	21.1 kB	64.0 kB	[список файлів]
mipsel	20.9 kB	62.0 kB	[список файлів]
ppc64el	23.3 kB	85.0 kB	[список файлів]
s390x	19.7 kB	60.0 kB	[список файлів]