Пакунок: estscan (3.0.3-5)

[ Source: estscan  ]

ORF-independent detector of coding DNA sequences

ESTScan is a program that can detect coding regions in DNA sequences, even if they are of low quality. ESTScan will also detect and correct sequencing errors that lead to frameshifts. ESTScan is not a gene prediction program , nor is it an open reading frame detector. In fact, its strength lies in the fact that it does not require an open reading frame to detect a coding region. As a result, the program may miss a few translated amino acids at either the N or the C terminus, but will detect coding regions with high selectivity and sensitivity.

ESTScan takes advantages of the bias in hexanucleotide usage found in coding regions relative to non-coding regions. This bias is formalized as an inhomogeneous 3-periodic fifth-order Hidden Markov Model (HMM). Additionally, the HMM of ESTScan has been extended to allows insertions and deletions when these improve the coding region statistics.

Інші пакунки пов'язані з estscan

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgfortran5 (>= 8)

  Виконавча бібліотека для застосунків GNU Fortran

• dep: perl

  Мова Практичного Видобування та Побудування Звітів Лари Уолла (Larry Wall)

Завантажити estscan

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	44.6 kB	195.0 kB	[список файлів]
arm64	43.0 kB	179.0 kB	[список файлів]
armel	43.6 kB	175.0 kB	[список файлів]
armhf	41.8 kB	159.0 kB	[список файлів]
i386	45.0 kB	191.0 kB	[список файлів]
mips64el	45.7 kB	194.0 kB	[список файлів]
mipsel	44.0 kB	178.0 kB	[список файлів]
ppc64el	46.7 kB	371.0 kB	[список файлів]
s390x	44.0 kB	183.0 kB	[список файлів]