Пакунок: discosnp (4.4.4-1)

[ Source: discosnp  ]

discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads

Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation Sequencers (NGS).

Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two, or more. Note also that no other data as reference genome or annotations are needed.

The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by computing per read set and for each found SNP:

 1) its mean read coverage
 2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.

This program is superseded by DiscoSnp++.

Інші пакунки пов'язані з discosnp

• dep: gatb-core

  Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg)

  dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not i386]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libhdf5-103-1

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: python3

  Інтерактивна обʼєктно-орієнтована мова високого рівня (типова версія „python3“)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

Завантажити discosnp

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	1,132.4 kB	2,560.0 kB	[список файлів]
arm64	1,116.6 kB	2,532.0 kB	[список файлів]
i386	1,136.4 kB	2,455.0 kB	[список файлів]
mips64el	1,112.4 kB	2,686.0 kB	[список файлів]
ppc64el	1,136.6 kB	2,840.0 kB	[список файлів]
s390x	1,112.2 kB	2,572.0 kB	[список файлів]