Пакунок: bali-phy (3.6.0+dfsg-1)

[ Source: bali-phy  ]

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Інші пакунки пов'язані з bali-phy

• dep: libboost-chrono1.74.0 (>= 1.74.0)

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)

  Операції з файловою системою (переносимі шляхи, операції з теками тощо) на Сі++

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  Бібліотека параметрів програми на Сі++

• dep: libboost-random1.74.0 (>= 1.74.0)

  Boost Random Number Library

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  Cairo 2D — бібліотека векторної графіки

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: perl

  Мова Практичного Видобування та Побудування Звітів Лари Уолла (Larry Wall)

• dep: python3

  Інтерактивна обʼєктно-орієнтована мова високого рівня (типова версія „python3“)

• rec: gnuplot

  Command-line driven interactive plotting program.
  also a virtual package provided by gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  GNU R — система для статистичних обчислень та представлення даних в графічному вигляді

• sug: figtree

  graphical phylogenetic tree viewer

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

Завантажити bali-phy

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	6,034.2 kB	35,682.0 kB	[список файлів]
arm64	5,431.3 kB	32,438.0 kB	[список файлів]
armel	4,564.5 kB	29,752.0 kB	[список файлів]
armhf	4,260.7 kB	22,024.0 kB	[список файлів]
i386	5,831.4 kB	35,044.0 kB	[список файлів]
mips64el	5,573.4 kB	42,247.0 kB	[список файлів]
mipsel	5,537.4 kB	40,464.0 kB	[список файлів]
ppc64el	6,131.2 kB	40,892.0 kB	[список файлів]
s390x	4,991.8 kB	35,522.0 kB	[список файлів]