Пакунок: chip-seq (1.5.5-3)

[ Source: chip-seq  ]

tools performing common ChIP-Seq data analysis tasks

The ChIP-Seq software provides a set of tools performing common genome- wide ChIP- seq analysis tasks, including positional correlation analysis, peak detection, and genome partitioning into signal-rich and signal-poor regions. These tools exist as stand-alone C programs and perform the following tasks:

 1. Positional correlation analysis and generation of an aggregation
    plot (AP) (chipcor),
 2. Extraction of specific genome annotation features around reference
    anchor points (chipextract),
 3. Read centering or shifting (chipcenter),
 4. Narrow peak caller using a fixed width peak size (chippeak),
 5. Broad peak caller used for large regions of enrichment (chippart),
 6. Feature selection tool based on a read count threshold (chipscore).

Because the ChIP-Seq tools are primarily optimized for speed, they use their own compact format for ChIP-seq data representation called SGA (Simplified Genome Annotation). SGA is a line-oriented, tab-delimited plain text format.

Інші пакунки пов'язані з chip-seq

• dep: chip-seq-data

  tools performing common ChIP-Seq data analysis tasks (data)

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.7) [not amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libmath-round-perl

  Perl extension for rounding numbers

Завантажити chip-seq

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	98.7 kB	496.0 kB	[список файлів]
arm64	97.5 kB	456.0 kB	[список файлів]
armel	91.2 kB	418.0 kB	[список файлів]
armhf	90.3 kB	358.0 kB	[список файлів]
i386	98.1 kB	510.0 kB	[список файлів]
mips64el	99.7 kB	492.0 kB	[список файлів]
mipsel	94.5 kB	441.0 kB	[список файлів]
ppc64el	104.5 kB	1,040.0 kB	[список файлів]
s390x	93.0 kB	467.0 kB	[список файлів]