Paket: skewer (0.2.2-6 och andra)

[ Källkod: skewer  ]

post-processing of high-throughput DNA sequence reads

skewer implements the bit-masked k-difference matching algorithm dedicated to the task of adapter trimming and it is specially designed for processing next-generation sequencing (NGS) paired-end sequences.

Features

 * Detection and removal of adapter sequences
 * Insertion and deletion allowed in pattern matching
 * Targeted at Single End, Paired End (PE), and Long Mate Pair (LMP) reads
 * Demultiplexing of barcoded sequencing runs
 * Multi-threading support
 * Trimming based on phred quality scores
 * IUPAC characters for barcodes and adapters
 * Compressed input and output support

Andra paket besläktade med skewer

• dep: libc6 (>= 2.17) [hppa, m68k, ppc64, sparc64, x32]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.32) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [ej alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.17) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ej armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC stödbibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC stödbibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU standardbibliotek v3 för C++

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

Hämta skewer

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	0.2.2-6	87,6 kbyte	227,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	0.2.2-6+b1	86,4 kbyte	216,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	0.2.2-6+b1	76,4 kbyte	235,0 kbyte	[filförteckning]
armel	0.2.2-6+b1	75,2 kbyte	235,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	0.2.2-6+b1	75,5 kbyte	171,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	0.2.2-6	83,6 kbyte	195,0 kbyte	[filförteckning]
i386	0.2.2-6+b1	90,2 kbyte	231,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	0.2.2-6	107,3 kbyte	387,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	0.2.2-6	83,4 kbyte	209,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	0.2.2-6+b1	81,5 kbyte	242,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	0.2.2-6	83,7 kbyte	235,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	0.2.2-6+b1	84,9 kbyte	236,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	0.2.2-6+b1	80,3 kbyte	159,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	0.2.2-6+b1	76,0 kbyte	199,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	0.2.2-6	98,1 kbyte	190,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	0.2.2-6	75,2 kbyte	197,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	0.2.2-6	86,1 kbyte	201,0 kbyte	[filförteckning]