alla flaggor
buster  ] [  sid  ]
[ Källkod: pscan-chip  ]

Paket: pscan-chip (1.1-1)

Länkar för pscan-chip



Hämta källkodspaketet pscan-chip:


Externa resurser:

Liknande paket:

ChIP-based identifcation of TF binding sites

The regions on genomic DNA juxtaposed to regions that code for RNA or protein are known to feature many short regions to which proteins bind that are a requirement for the gene to be read out. These so called transcription factors (TFs) are proteins themselves and their abundance is dependent on yet other TFs. Much of the cellular differentiation to have different tissues and the dynamic molecular responses to stimuli are controlled transcriptionally.

The identification of the exact oligonucleotides to which TF may be binding are described statistically by an observed enrichment of motifs of such TF binding sites by software like pscan. This tool further constraints the search with data from ChIP-Seq experiments from which the regions of DNA that is covered by a TF may be described.

Andra paket besläktade med pscan-chip

  • beror
  • rekommenderar
  • föreslår
  • enhances

Hämta pscan-chip

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer
Arkitektur Paketstorlek Installerad storlek Filer
alpha (inofficiell anpassning) 83,5 kbyte187,0 kbyte [filförteckning]
amd64 78,1 kbyte163,0 kbyte [filförteckning]
arm64 74,6 kbyte151,0 kbyte [filförteckning]
armel 72,8 kbyte145,0 kbyte [filförteckning]
armhf 72,4 kbyte121,0 kbyte [filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning) 80,0 kbyte160,0 kbyte [filförteckning]
hurd-i386 81,5 kbyte165,0 kbyte [filförteckning]
i386 81,4 kbyte165,0 kbyte [filförteckning]
kfreebsd-amd64 77,6 kbyte159,0 kbyte [filförteckning]
kfreebsd-i386 81,3 kbyte165,0 kbyte [filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning) 75,2 kbyte161,0 kbyte [filförteckning]
mips 79,1 kbyte179,0 kbyte [filförteckning]
mips64el 79,6 kbyte185,0 kbyte [filförteckning]
mipsel 79,9 kbyte179,0 kbyte [filförteckning]
powerpcspe (inofficiell anpassning) 80,0 kbyte241,0 kbyte [filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning) 80,5 kbyte243,0 kbyte [filförteckning]
ppc64el 79,8 kbyte243,0 kbyte [filförteckning]
riscv64 (inofficiell anpassning) 76,3 kbyte139,0 kbyte [filförteckning]
s390x 75,0 kbyte163,0 kbyte [filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning) 87,7 kbyte153,0 kbyte [filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning) 73,4 kbyte167,0 kbyte [filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning) 77,9 kbyte153,0 kbyte [filförteckning]