Paket: kissplice (2.6.2-3 och andra)

[ Källkod: kissplice  ]

Detection of various kinds of polymorphisms in RNA-seq data

KisSplice is a piece of software that enables the analysis of RNA-seq data with or without a reference genome. It is an exact local transcriptome assembler that allows one to identify SNPs, indels and alternative splicing events. It can deal with an arbitrary number of biological conditions, and will quantify each variant in each condition. It has been tested on Illumina datasets of up to 1G reads. Its memory consumption is around 5Gb for 100M reads.

Andra paket besläktade med kissplice

• dep: bcalm [ej alpha, hppa, m68k, sh4, x32]

  de Bruijn compaction in low memory

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.34) [ej alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, x32]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [riscv64]

• dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1) [alpha]

  Paketet inte tillgängligt

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [sh4]

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [ej alpha, hppa, m68k, sh4, x32]

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ej alpha, hppa, m68k, sh4, x32]

  GNU standardbibliotek v3 för C++

  dep: libstdc++6 (>= 4.6) [hppa, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 4.9) [alpha, m68k]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: python [alpha, hppa, m68k, sh4]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: python3 [ej alpha, hppa, m68k, sh4]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ej alpha, hppa, m68k, sh4]

  Kompressionsbibliotek - körtidspaket

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [alpha, hppa, m68k, sh4]

Hämta kissplice

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	2.2.1-1	596,7 kbyte	1.376,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	2.6.2-3	488,0 kbyte	1.211,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	2.6.2-3	474,5 kbyte	1.371,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	2.1.0-1	1.289,9 kbyte	2.181,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	2.6.2-3	506,4 kbyte	1.581,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	2.2.1-1	555,8 kbyte	1.120,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	2.6.2-3	481,0 kbyte	1.467,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	2.6.2-3	490,5 kbyte	1.499,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	2.6.2-3	491,5 kbyte	1.435,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	2.6.2-3	484,2 kbyte	1.059,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	2.1.0-1	1.282,1 kbyte	2.090,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	2.6.2-3	467,2 kbyte	7.784,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	2.5.3-1	4.035,5 kbyte	15.302,0 kbyte	[filförteckning]