alla flaggor
stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Källkod: dindel  ]

Paket: dindel (1.01-wu1-3+dfsg-1)

Länkar för dindel

Screenshot

Debianresurser:

Hämta källkodspaketet dindel:

Ansvariga:

Externa resurser:

Liknande paket:

determines indel calls from short-read data

Dindel is a program for calling small indels from short-read sequence data ('next generation sequence data'). It currently is designed to handle only Illumina data.

Dindel requires a BAM file containing the read-alignments as input. It then extracts candidate indels from the BAM file, and realigns the reads to candidate haplotypes consisting of these candidate indels. If there is sufficient evidence for an alternative haplotype to the reference, it will call an indel.

It is possible to test indels discovered with other methods using Dindel, for instance longer indels obtained through assembly methods. Dindel will then realign both mapped and unmapped reads to see if the candidate indel is supported by the reads.

Dindel outputs both genotype likelihoods and includes a script to convert these to a VCF file with indel and SNP calls.

There is basic support for outputting realigned BAM files for each realignment-window. These realigned BAM files can be used to call SNPs near (candidate) indels.

Andra paket besläktade med dindel

  • beror
  • rekommenderar
  • föreslår
  • enhances

Hämta dindel

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer
Arkitektur Paketstorlek Installerad storlek Filer
alpha (inofficiell anpassning) 352,3 kbyte1.205,0 kbyte [filförteckning]
amd64 341,8 kbyte998,0 kbyte [filförteckning]
arm64 304,2 kbyte906,0 kbyte [filförteckning]
armel 284,1 kbyte861,0 kbyte [filförteckning]
armhf 287,7 kbyte637,0 kbyte [filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning) 336,6 kbyte974,0 kbyte [filförteckning]
hurd-i386 366,5 kbyte1.057,0 kbyte [filförteckning]
i386 367,2 kbyte1.061,0 kbyte [filförteckning]
kfreebsd-amd64 341,9 kbyte994,0 kbyte [filförteckning]
kfreebsd-i386 367,6 kbyte1.057,0 kbyte [filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning) 311,8 kbyte937,0 kbyte [filförteckning]
mips 313,2 kbyte1.168,0 kbyte [filförteckning]
mips64el 321,6 kbyte1.219,0 kbyte [filförteckning]
mipsel 318,5 kbyte1.168,0 kbyte [filförteckning]
powerpcspe (inofficiell anpassning) 322,8 kbyte1.073,0 kbyte [filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning) 347,4 kbyte1.266,0 kbyte [filförteckning]
ppc64el 359,2 kbyte1.202,0 kbyte [filförteckning]
s390x 305,4 kbyte1.018,0 kbyte [filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning) 421,0 kbyte938,0 kbyte [filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning) 292,6 kbyte978,0 kbyte [filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning) 341,0 kbyte949,0 kbyte [filförteckning]