alla flaggor
buster  ] [  bullseye  ] [  sid  ]
[ Källkod: gfapy  ]

Paket: python3-gfapy (1.1.0+dfsg-1 och andra)

Länkar för python3-gfapy

Screenshot

Debianresurser:

Hämta källkodspaketet gfapy:

Ansvariga:

Externa resurser:

Liknande paket:

flexible and extensible software library for handling sequence graphs

The Graphical Fragment Assembly (GFA) are formats for the representation of sequence graphs, including assembly, variation and splicing graphs. Two versions of GFA have been defined (GFA1 and GFA2) and several sequence analysis programs have been adopting the formats as an interchange format, which allow the user to easily combine different sequence analysis tools.

This library implements the GFA1 and GFA2 specification. It is possible to create a Gfa object from a file in the GFA format or from scratch, to enumerate the graph elements (segments, links, containments, paths and header lines), to traverse the graph (by traversing all links outgoing from or incoming to a segment), to search for elements (e.g. which links connect two segments) and to manipulate the graph (e.g. to eliminate a link or a segment or to duplicate a segment distributing the read counts evenly on the copies).

The GFA format can be easily extended by users by defining own custom tags and record types. In Gfapy, it is easy to write extensions modules, which allow one to define custom record types and datatypes for the parsing and validation of custom fields. The custom lines can be connected, using references, to each other and to lines of the standard record types.

Andra paket besläktade med python3-gfapy

  • beror
  • rekommenderar
  • föreslår
  • enhances

Hämta python3-gfapy

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer
Arkitektur Version Paketstorlek Installerad storlek Filer
alpha (inofficiell anpassning) 1.1.0+dfsg-1+b1 74,1 kbyte489,0 kbyte [filförteckning]
amd64 1.1.0+dfsg-1+b1 74,1 kbyte489,0 kbyte [filförteckning]
arm64 1.1.0+dfsg-1+b1 74,1 kbyte489,0 kbyte [filförteckning]
armel 1.1.0+dfsg-1+b1 74,1 kbyte489,0 kbyte [filförteckning]
armhf 1.1.0+dfsg-1+b1 74,1 kbyte489,0 kbyte [filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning) 1.1.0+dfsg-1+b1 74,1 kbyte489,0 kbyte [filförteckning]
i386 1.1.0+dfsg-1+b1 74,1 kbyte489,0 kbyte [filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning) 1.1.0+dfsg-1+b1 74,1 kbyte489,0 kbyte [filförteckning]
mips64el 1.1.0+dfsg-1+b1 74,1 kbyte489,0 kbyte [filförteckning]
mipsel 1.1.0+dfsg-1+b1 74,1 kbyte489,0 kbyte [filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning) 1.1.0+dfsg-1+b1 74,1 kbyte489,0 kbyte [filförteckning]
ppc64el 1.1.0+dfsg-1+b1 74,1 kbyte489,0 kbyte [filförteckning]
riscv64 (inofficiell anpassning) 1.1.0+dfsg-1+b1 74,1 kbyte489,0 kbyte [filförteckning]
s390x 1.1.0+dfsg-1+b1 74,1 kbyte489,0 kbyte [filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning) 1.1.0+dfsg-1+b1 74,1 kbyte489,0 kbyte [filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning) 1.1.0+dfsg-1+b1 74,1 kbyte489,0 kbyte [filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning) 1.1.0+dfsg-1+b1 74,1 kbyte489,0 kbyte [filförteckning]