alla flaggor
stretch  ] [  buster  ] [  bullseye  ] [  sid  ]
[ Källkod: miniasm  ]

Paket: miniasm (0.3+dfsg-2)

Länkar för miniasm

Screenshot

Debianresurser:

Hämta källkodspaketet miniasm:

Ansvariga:

Externa resurser:

Liknande paket:

ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads

Miniasm is an experimental very fast OLC-based de novo assembler for noisy long reads. It takes all-vs-all read self-mappings (typically by minimap) as input and outputs an assembly graph in the GFA format. Different from mainstream assemblers, miniasm does not have a consensus step. It simply concatenates pieces of read sequences to generate the final unitig sequences. Thus the per-base error rate is similar to the raw input reads.

Märken: Biologi: Nucleic Acids, Field: Biologi, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, User Interface: Command Line, Role: role::program, science::calculation, Purpose: Calculating, use::comparing, works-with::biological-sequence

Andra paket besläktade med miniasm

  • beror
  • rekommenderar
  • föreslår
  • enhances

Hämta miniasm

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer
Arkitektur Paketstorlek Installerad storlek Filer
alpha (inofficiell anpassning) 31,6 kbyte83,0 kbyte [filförteckning]
amd64 29,6 kbyte70,0 kbyte [filförteckning]
arm64 27,8 kbyte66,0 kbyte [filförteckning]
armel 28,3 kbyte66,0 kbyte [filförteckning]
armhf 26,8 kbyte54,0 kbyte [filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning) 30,0 kbyte67,0 kbyte [filförteckning]
i386 31,9 kbyte74,0 kbyte [filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning) 26,2 kbyte66,0 kbyte [filförteckning]
mips64el 30,4 kbyte78,0 kbyte [filförteckning]
mipsel 30,0 kbyte77,0 kbyte [filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning) 32,5 kbyte147,0 kbyte [filförteckning]
ppc64el 32,6 kbyte83,0 kbyte [filförteckning]
riscv64 (inofficiell anpassning) 28,7 kbyte55,0 kbyte [filförteckning]
s390x 28,5 kbyte74,0 kbyte [filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning) 29,3 kbyte58,0 kbyte [filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning) 26,8 kbyte68,0 kbyte [filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning) 29,4 kbyte70,0 kbyte [filförteckning]