Paket: hts-nim-tools (0.2.1-1 och andra)

[ Källkod: hts-nim-tools  ]

tools biological sequences: bam-filter, count-reads, vcf-check

This package provides several tools that (at least at the time of their creation) provide functionalities beyond the routine provided by samtools and other reverse dependencies of the htslib.

These new tools are

 • bam-filter : filter BAM/CRAM/SAM files with a simple expression language
 • count-reads: count BAM/CRAM reads in regions given in a BED file
 • vcf-check  : check regions of a VCF against a background for missing chunks

and yes, as the name suggests, these tools are all implemented in nim, using the nim-hts (upstream: hts-nim) wrapper for the htslib.

Andra paket besläktade med hts-nim-tools

• dep: libc6 (>= 2.29) [ej riscv64]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

• dep: nim-hts-dev

  wrapper for hts C library

Hämta hts-nim-tools

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
amd64	0.2.1-1	198,0 kbyte	864,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	0.2.1-1	164,6 kbyte	844,0 kbyte	[filförteckning]
armel	0.2.1-1	182,9 kbyte	832,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	0.2.1-1	182,9 kbyte	604,0 kbyte	[filförteckning]
i386	0.2.1-1	186,0 kbyte	843,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	0.2.1-1	137,8 kbyte	951,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	0.2.1-1	155,9 kbyte	981,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	0.2.1-1	158,6 kbyte	916,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	0.2.1-1+b1	158,8 kbyte	573,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	0.2.1-1	135,8 kbyte	944,0 kbyte	[filförteckning]