Paket: fasttree (2.1.11-2 och andra)

[ Källkod: fasttree  ]

phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

FastTree infers approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences. It handles alignments with up to a million of sequences in a reasonable amount of time and memory. For large alignments, FastTree is 100-1,000 times faster than PhyML 3.0 or RAxML 7.

FastTree is more accurate than PhyML 3 with default settings, and much more accurate than the distance-matrix methods that are traditionally used for large alignments. FastTree uses the Jukes-Cantor or generalized time-reversible (GTR) models of nucleotide evolution and the JTT (Jones-Taylor-Thornton 1992) model of amino acid evolution. To account for the varying rates of evolution across sites, FastTree uses a single rate for each site (the "CAT" approximation). To quickly estimate the reliability of each split in the tree, FastTree computes local support values with the Shimodaira-Hasegawa test (these are the same as PhyML 3's "SH-like local supports").

This package contains a single threaded version (fasttree) and a parallel version which uses OpenMP (fasttreMP).

Andra paket besläktade med fasttree

• dep: libc6 (>= 2.29) [ej alpha, ia64, riscv64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

Hämta fasttree

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	2.1.11-2	176,6 kbyte	531,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	2.1.11-2	176,6 kbyte	483,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	2.1.11-2	167,5 kbyte	465,0 kbyte	[filförteckning]
armel	2.1.11-2	172,2 kbyte	509,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	2.1.11-2	164,9 kbyte	385,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	2.1.11-2	170,8 kbyte	471,0 kbyte	[filförteckning]
i386	2.1.11-2	178,9 kbyte	517,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	2.1.11-2	208,6 kbyte	857,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	2.1.11-2	161,9 kbyte	465,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	2.1.11-2	171,5 kbyte	527,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	2.1.11-2	181,7 kbyte	635,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	2.1.11-2	181,9 kbyte	635,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	2.1.11-2+b1	178,3 kbyte	423,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	2.1.11-2	166,4 kbyte	493,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	2.1.11-2	187,7 kbyte	441,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	2.1.11-2	163,5 kbyte	493,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	2.1.11-2	175,3 kbyte	469,0 kbyte	[filförteckning]