Paket: clustalw (2.1+lgpl-7 och andra)

[ Källkod: clustalw  ]

global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

This program performs an alignment of multiple nucleotide or amino acid sequences. It recognizes the format of input sequences and whether the sequences are nucleic acid (DNA/RNA) or amino acid (proteins). The output format may be selected from in various formats for multiple alignments such as Phylip or FASTA. Clustal W is very well accepted.

The output of Clustal W can be edited manually but preferably with an alignment editor like SeaView or within its companion Clustal X. When building a model from your alignment, this can be applied for improved database searches. The Debian package hmmer creates such in form of an HMM.

Märken: Biologi: Clustal/ALN, Proteiner, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, User Interface: Text-based Interactive, Role: role::program, scope::utility, Purpose: Comparing, Supports Format: works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Andra paket besläktade med clustalw

• dep: libc6 (>= 2.29) [ej alpha, ia64, riscv64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC stödbibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC stödbibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

  GNU standardbibliotek v3 för C++

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [ej riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• sug: clustalx

  Multiple alignment of nucleic acid and protein sequences (graphical interface)

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

• enh: bioperl-run

  BioPerl wrappers: scripts

• enh: emboss

  European molecular biology open software suite

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

Hämta clustalw

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	2.1+lgpl-7	276,6 kbyte	920,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	2.1+lgpl-7	275,1 kbyte	787,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	2.1+lgpl-7	241,9 kbyte	710,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	2.1+lgpl-7	259,6 kbyte	737,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	2.1+lgpl-7	344,9 kbyte	1.516,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	2.1+lgpl-7	264,7 kbyte	790,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	2.1+lgpl-7	259,1 kbyte	941,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	2.1+lgpl-7	276,1 kbyte	982,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	2.1+lgpl-7	276,5 kbyte	918,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	2.1+lgpl-7+b1	274,2 kbyte	622,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	2.1+lgpl-7	247,5 kbyte	794,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	2.1+lgpl-7	314,8 kbyte	714,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	2.1+lgpl-7	231,2 kbyte	747,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	2.1+lgpl-7	275,3 kbyte	750,0 kbyte	[filförteckning]