Paket: spaln (2.4.1+dfsg-3)

[ Källkod: spaln  ]

splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA

Spaln (space-efficient spliced alignment) is a stand-alone program that maps and aligns a set of cDNA or protein sequences onto a whole genomic sequence in a single job. It also performs spliced or ordinary alignment after rapid similarity search against a protein sequence database, if a genomic segment or an amino acid sequence is given as a query.

spaln supports a combination of protein sequence database and a given genomic segment and performs rapid similarity searches and (semi-)global alignments of a set of protein sequence queries against a protein sequence database. Spaln adopts multi-phase heuristics that makes it possible to perform the job on a conventional personal computer.

Andra paket besläktade med spaln

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ej armel, armhf]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU standardbibliotek v3 för C++

• dep: spaln-data

  splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA (data)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  Kompressionsbibliotek - körtidspaket

Hämta spaln

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
amd64	345,1 kbyte	855,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	311,5 kbyte	775,0 kbyte	[filförteckning]
armel	296,6 kbyte	781,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	303,3 kbyte	589,0 kbyte	[filförteckning]
i386	349,5 kbyte	881,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	330,2 kbyte	955,0 kbyte	[filförteckning]
mipsel	323,5 kbyte	895,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	360,1 kbyte	1.120,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	349,1 kbyte	1.003,0 kbyte	[filförteckning]