Balík: spaced (1.2.0-201605+dfsg-4)

[ Zdroj: spaced  ]

alignment-free sequence comparison using spaced words

Spaced (Words) is a new approach to alignment-free sequence comparison. While most alignment-free algorithms compare the word-composition of sequences, spaced uses a pattern of care and don't care positions. The occurrence of a spaced word in a sequence is then defined by the characters at the match positions only, while the characters at the don't care positions are ignored. Instead of comparing the frequencies of contiguous words in the input sequences, this new approach compares the frequencies of the spaced words according to the pre-defined pattern. An information-theoretic distance measure is then used to define pairwise distances on the set of input sequences based on their spaced-word frequencies. Systematic test runs on real and simulated sequence sets have shown that, for phylogeny reconstruction, this multiple-spaced-words approach is far superior to the classical alignment-free approach based on contiguous word frequencies.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom spaced

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgomp1 (>= 9)

  podporná knižnica GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

Stiahnuť spaced

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	58.3 kB	216.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	59.4 kB	168.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	52.3 kB	152.0 kB	[zoznam súborov]
armel	53.0 kB	151.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	51.9 kB	111.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	63.5 kB	165.0 kB	[zoznam súborov]
i386	66.2 kB	179.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	73.9 kB	301.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	59.2 kB	167.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	58.6 kB	223.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	62.4 kB	216.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	62.0 kB	216.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	57.7 kB	128.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	61.9 kB	180.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	72.2 kB	215.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	51.0 kB	1,050.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	59.0 kB	159.0 kB	[zoznam súborov]