Balík: sim4 (0.0.20121010-8 a iné)

Odkazy pre sim4

Zdroje Debian:

Stiahnuť zdrojový balík sim4:

Správcovia:

Externé zdroje:

Domovská stránka [globin.bx.psu.edu]

Podobné balíky:

tool for aligning cDNA and genomic DNA

sim4 is a similarity-based tool for aligning an expressed DNA sequence (EST, cDNA, mRNA) with a genomic sequence for the gene. It also detects end matches when the two input sequences overlap at one end (i.e., the start of one sequence overlaps the end of the other).

sim4 employs a blast-based technique to first determine the basic matching blocks representing the "exon cores". In this first stage, it detects all possible exact matches of W-mers (i.e., DNA words of size W) between the two sequences and extends them to maximal scoring gap-free segments. In the second stage, the exon cores are extended into the adjacent as-yet-unmatched fragments using greedy alignment algorithms, and heuristics are used to favor configurations that conform to the splice-site recognition signals (GT-AG, CT-AC). If necessary, the process is repeated with less stringent parameters on the unmatched fragments.

Značky: Pole: Biológia, Bioinformatika, Implementované v: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Ostatné balíky súvisiace s balíkom sim4

závisí

odporúča

navrhuje

vylepšuje

dep: libc6 (>= 2.29) [nie alpha, ia64, riscv64, sh4]

knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]
dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

Stiahnuť sim4

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	0.0.20121010-8	354.4 kB	1,391.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	0.0.20121010-8	350.8 kB	1,371.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	0.0.20121010-8	346.8 kB	1,363.0 kB	[zoznam súborov]
armel	0.0.20121010-8	346.0 kB	1,362.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	0.0.20121010-8	344.3 kB	1,334.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	0.0.20121010-8	349.0 kB	1,362.0 kB	[zoznam súborov]
i386	0.0.20121010-8	353.0 kB	1,378.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	0.0.20121010-8	364.7 kB	1,452.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	0.0.20121010-8	340.8 kB	1,350.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	0.0.20121010-8	350.1 kB	1,379.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	0.0.20121010-8	355.7 kB	1,408.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	0.0.20121010-8	356.3 kB	1,407.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	0.0.20121010-8+b1	352.4 kB	1,355.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	0.0.20121010-8	349.9 kB	1,375.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	0.0.20121010-8	349.8 kB	1,342.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	0.0.20121010-8	345.9 kB	1,369.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	0.0.20121010-8	349.6 kB	1,366.0 kB	[zoznam súborov]