Balík: rsem (1.3.3+dfsg-3 a iné)

[ Zdroj: rsem  ]

RNA-Seq by Expectation-Maximization

RSEM is a software package for estimating gene and isoform expression levels from RNA-Seq data. The RSEM package provides an user-friendly interface, supports threads for parallel computation of the EM algorithm, single-end and paired-end read data, quality scores, variable-length reads and RSPD estimation. In addition, it provides posterior mean and 95% credibility interval estimates for expression levels. For visualization, It can generate BAM and Wiggle files in both transcript-coordinate and genomic-coordinate. Genomic-coordinate files can be visualized by both UCSC Genome browser and Broad Institute’s Integrative Genomics Viewer (IGV). Transcript-coordinate files can be visualized by IGV. RSEM also has its own scripts to generate transcript read depth plots in pdf format. The unique feature of RSEM is, the read depth plots can be stacked, with read depth contributed to unique reads shown in black and contributed to multi-reads shown in red. In addition, models learned from data can also be visualized. Last but not least, RSEM contains a simulator.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom rsem

• dep: bowtie

  Ultrafast memory-efficient short read aligner

  alebo bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: libc6 (>= 2.15) [m68k]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, m68k, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie alpha, hppa, m68k, riscv64, sh4, sparc64]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]

  Balík nie je dostupný

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Balík nie je dostupný

• dep: libhts3 (>= 1.10) [sh4]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [nie m68k, sh4]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie m68k, sh4]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [sh4]

• dep: perl

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

• dep: python [m68k]

  Balík nie je dostupný

• dep: python3 [nie m68k]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: r-base-core

  jadro GNU R na štatistické výpočty a grafický systém

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sh4, sparc64]

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [m68k]

• sug: hisat2 [nie m68k, sh4]

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• sug: r-bioc-ebseq

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

Stiahnuť rsem

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	1.3.3+dfsg-3+b1	35,275.3 kB	37,674.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	1.3.3+dfsg-3+b1	35,295.5 kB	37,100.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1.3.3+dfsg-3+b1	35,231.6 kB	37,212.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	1.3.3+dfsg-3+b1	35,265.2 kB	36,898.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	1.2.26+dfsg-2	402.7 kB	2,457.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	1.3.3+dfsg-3+b1	35,248.4 kB	37,606.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	1.3.3+dfsg-3+b1	35,258.0 kB	37,532.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	1.3.3+dfsg-3+b1	35,270.7 kB	37,532.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	1.3.3+dfsg-3+b2	35,274.5 kB	36,648.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	1.3.3+dfsg-3+b1	35,294.8 kB	37,180.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	1.3.2+dfsg-2+b1	35,337.5 kB	36,915.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	1.3.3+dfsg-3+b1	35,221.8 kB	50,502.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	1.3.3+dfsg-3+b1	35,299.9 kB	37,017.0 kB	[zoznam súborov]