Balík: minimap2 (2.27+dfsg-1 a iné)

[ Zdroj: minimap2  ]

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

Minimap2 is a versatile sequence alignment program that aligns DNA or mRNA sequences against a large reference database. Typical use cases include: (1) mapping PacBio or Oxford Nanopore genomic reads to the human genome; (2) finding overlaps between long reads with error rate up to ~15%; (3) splice-aware alignment of PacBio Iso-Seq or Nanopore cDNA or Direct RNA reads against a reference genome; (4) aligning Illumina single- or paired-end reads; (5) assembly-to-assembly alignment; (6) full- genome alignment between two closely related species with divergence below ~15%.

For ~10kb noisy reads sequences, minimap2 is tens of times faster than mainstream long-read mappers such as BLASR, BWA-MEM, NGMLR and GMAP. It is more accurate on simulated long reads and produces biologically meaningful alignment ready for downstream analyses. For >100bp Illumina short reads, minimap2 is three times as fast as BWA-MEM and Bowtie2, and as accurate on simulated data. Detailed evaluations are available from the minimap2 paper or the preprint.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom minimap2

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nie armel, armhf, m68k]

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, m68k]

Stiahnuť minimap2

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	2.26+dfsg-1	404.5 kB	575.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	2.27+dfsg-1	379.4 kB	507.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	2.27+dfsg-1	370.6 kB	511.0 kB	[zoznam súborov]
armel	2.27+dfsg-1	388.8 kB	550.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	2.27+dfsg-1	389.8 kB	482.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	2.24+dfsg-3+b2	409.8 kB	575.0 kB	[zoznam súborov]
i386	2.27+dfsg-1	386.2 kB	530.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	2.24+dfsg-3+b1	441.2 kB	755.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	2.27+dfsg-1	387.3 kB	558.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	2.27+dfsg-1	403.8 kB	583.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	2.27+dfsg-1	409.7 kB	639.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	2.27+dfsg-1	390.6 kB	575.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	2.27+dfsg-1	410.4 kB	519.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	2.27+dfsg-1	410.4 kB	591.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	2.24+dfsg-3+b2	424.6 kB	574.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	2.27+dfsg-1	392.5 kB	1,345.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	2.24+dfsg-2+b1	374.5 kB	493.0 kB	[zoznam súborov]