Balík: minia (3.2.6-4 a iné)
Odkazy pre minia
Zdroje Debian:
Stiahnuť zdrojový balík minia:
Správcovia:
- Debian Med Packaging Team (Stránka QA, Konferencia)
- Olivier Sallou (Stránka QA)
- Andreas Tille (Stránka QA)
- Steffen Moeller (Stránka QA)
Externé zdroje:
- Domovská stránka [minia.genouest.org]
Podobné balíky:
short-read biological sequence assembler
What was referred to as "next-generation" DNA sequencing up to the year 2020 delivered only "short" reads up to ~600 base pairs in length that would then have to be puzzled by random overlaps in their sequence towards a complete genome. This is the genome assembly. And there are many biological pitfalls on long stretches of low complexity regions and copy number variations and other sorts of redundancies that render this difficult.
This package provides a short-read DNA sequence assembler based on a de Bruijn graph, capable of assembling a human genome on a desktop computer in a day.
The output of Minia is a set of contigs, i.e. stretches of gap-free linear overlaps of short reads. In the best possible case this is a whole chromosome.
Minia produces results of similar contiguity and accuracy to other de Bruijn assemblers (e.g. Velvet).
Ostatné balíky súvisiace s balíkom minia
|
|
|
|
-
- dep: bc
- GNU jazyk kalkulátora s neobmedzenou presnosťou
-
- dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]
- knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, m68k, sh4]
- dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2) [amd64]
- dynamic library of the Genome Analysis Toolbox
- dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg) [nie amd64, m68k, sh4]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie hppa, ia64, m68k, sh4]
- podporná knižnica GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- podporná knižnica GCC
-
- dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]
- Balík nie je dostupný
-
- dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]
- Balík nie je dostupný
-
- dep: libhdf5-103-1 [hppa]
- HDF5 C runtime files - serial version
-
- dep: libhdf5-103-1t64 [nie hppa, m68k, sh4]
- HDF5 C runtime files - serial version
-
- dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]
- štandardná knižnica C++ GNU v3
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie hppa, m68k, sh4]
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sh4]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory
-
- dep: zlib1g [nie m68k, sh4]
- komprimačná knižnica - dynamická verzia
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [m68k, sh4]
-
- rec: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
-
- sug: bandage
- Bioinformatics Application for Navigating De novo Assembly Graphs Easily
Stiahnuť minia
| Architektúra | Verzia | Veľkosť balíka | Nainštalovaná veľkosť | Súbory |
|---|---|---|---|---|
| alpha (neoficiálny port) | 3.2.6-4+b1 | 389.1 kB | 827.0 kB | [zoznam súborov] |
| amd64 | 3.2.6-4+b1 | 391.1 kB | 745.0 kB | [zoznam súborov] |
| arm64 | 3.2.6-4+b1 | 384.2 kB | 825.0 kB | [zoznam súborov] |
| hppa (neoficiálny port) | 3.2.6-2 | 400.6 kB | 744.0 kB | [zoznam súborov] |
| ia64 (neoficiálny port) | 3.2.6-4+b1 | 400.4 kB | 941.0 kB | [zoznam súborov] |
| m68k (neoficiálny port) | 1.6906-2 | 173.6 kB | 298.0 kB | [zoznam súborov] |
| mips64el | 3.2.6-4+b1 | 382.4 kB | 844.0 kB | [zoznam súborov] |
| ppc64 (neoficiálny port) | 3.2.6-4+b1 | 391.9 kB | 889.0 kB | [zoznam súborov] |
| ppc64el | 3.2.6-4+b1 | 392.5 kB | 825.0 kB | [zoznam súborov] |
| riscv64 | 3.2.6-4+b1 | 388.9 kB | 689.0 kB | [zoznam súborov] |
| sh4 (neoficiálny port) | 1.6906-2 | 192.8 kB | 291.0 kB | [zoznam súborov] |
| sparc64 (neoficiálny port) | 3.2.6-4+b1 | 379.3 kB | 2,431.0 kB | [zoznam súborov] |
| x32 (neoficiálny port) | 3.2.6-4+b1 | 391.2 kB | 707.0 kB | [zoznam súborov] |