Balík: gmap (2024-02-22+ds-1)

[ Zdroj: gmap  ]

spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning EST, mRNA and cDNA sequences. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for aligning single-end and paired-end transcriptome reads. Both tools can use a database of

 * known splice sites and identify novel splice sites.
 * known single-nucleotide polymorphisms (SNPs).

GSNAP can align bisulfite-treated DNA.

Značky: Pole: Biológia, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, Role: Program, Purpose: Analyzovanie

Ostatné balíky súvisiace s balíkom gmap

• dep: libbz2-1.0

  kvalitná knižnica na komprimáciu súborov s triedením blokov - dynamická knižnica

• dep: libc6 (>= 2.34)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: perl

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

Stiahnuť gmap

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	32,181.7 kB	253,542.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	6,178.4 kB	58,874.0 kB	[zoznam súborov]
armel	4,799.7 kB	44,079.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	5,380.9 kB	41,951.0 kB	[zoznam súborov]
i386	5,503.9 kB	44,267.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	5,010.0 kB	55,483.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	6,434.1 kB	61,434.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	6,112.4 kB	57,230.0 kB	[zoznam súborov]