Balík: libfreecontact-perl (0.08-9 a iné)

[ Zdroj: libfreecontact-perl  ]

fast protein contact predictor - binding for Perl

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the Perl binding.

Značky: Software Development: Perl Development, Knižnice, Implementované v: implemented-in::c, implemented-in::perl, Role: Vývojová knižnica

Ostatné balíky súvisiace s balíkom libfreecontact-perl

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libfreecontact0t64 (>= 1.0.21) [nie alpha]

  fast protein contact predictor library

• dep: libfreecontact0v5 (>= 1.0.21) [alpha]

  fast protein contact predictor library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, hppa, ia64, m68k]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

• dep: perl (>= 5.36.0-7) [alpha]

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

  dep: perl (>= 5.38.2-3.2) [nie alpha, sh4]

  dep: perl (>= 5.38.2-3.2+b1) [sh4]

• dep: perlapi-5.36.0 [alpha]

  virtuálny balík poskytovaný balíkom perl-base

• dep: perlapi-5.38.2 [nie alpha, armel, armhf, hppa, m68k, sh4, x32]

  virtuálny balík poskytovaný balíkom perl-base

• dep: perlapi-5.38.2t64 [armel, armhf, hppa, m68k, sh4, x32]

  virtuálny balík poskytovaný balíkom perl-base

Stiahnuť libfreecontact-perl

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	0.08-9+b1	62.4 kB	226.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	0.08-9+b4	62.3 kB	213.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	0.08-9+b4	60.5 kB	224.0 kB	[zoznam súborov]
armel	0.08-9+b4	60.8 kB	204.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	0.08-9+b4	59.8 kB	192.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	0.08-9+b4	63.2 kB	213.0 kB	[zoznam súborov]
i386	0.08-9+b4	62.7 kB	216.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	0.08-9+b4	64.7 kB	258.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	0.08-9+b4	62.2 kB	216.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	0.08-9+b4	59.7 kB	226.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	0.08-9+b4	61.9 kB	225.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	0.08-9+b4	62.1 kB	225.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	0.08-9+b2	61.0 kB	196.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	0.08-9+b4	62.2 kB	209.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	0.08-9+b5	64.6 kB	224.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	0.08-9+b4	59.8 kB	1,187.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	0.08-9+b4	62.4 kB	208.0 kB	[zoznam súborov]