všetky možnosti
jessie  ] [  stretch  ] [  buster  ] [  sid  ]
[ Zdroj: idba  ]

Balík: idba (1.1.3-3)

Odkazy pre idba

Screenshot

Zdroje Debian:

Stiahnuť zdrojový balík idba:

Správcovia:

Externé zdroje:

Podobné balíky:

iterative De Bruijn Graph short read assemblers

IDBA stands for iterative de Bruijn graph assembler. In computational sequence biology, an assembler solves the puzzle coming from large sequencing machines that feature many gigabytes of short reads from a large genome.

This package provides several flavours of the IDBA assembler, as they all share the same source tree but serve different purposes and evolved over time.

IDBA is the basic iterative de Bruijn graph assembler for second-generation sequencing reads. IDBA-UD, an extension of IDBA, is designed to utilize paired-end reads to assemble low-depth regions and use progressive depth on contigs to reduce errors in high-depth regions. It is a generic purpose assembler and especially good for single-cell and metagenomic sequencing data. IDBA-Hybrid is another update version of IDBA-UD, which can make use of a similar reference genome to improve assembly result. IDBA-Tran is an iterative de Bruijn graph assembler for RNA-Seq data.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom idba

  • závisí
  • odporúča
  • navrhuje
  • vylepšuje

Stiahnuť idba

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra Veľkosť balíka Nainštalovaná veľkosť Súbory
alpha (neoficiálny port) 385.1 kB2,951.0 kB [zoznam súborov]
amd64 371.8 kB2,571.0 kB [zoznam súborov]
arm64 333.1 kB2,191.0 kB [zoznam súborov]
armel 319.3 kB2,199.0 kB [zoznam súborov]
armhf 329.5 kB1,575.0 kB [zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port) 413.8 kB2,863.0 kB [zoznam súborov]
hurd-i386 419.7 kB2,823.0 kB [zoznam súborov]
i386 417.7 kB2,831.0 kB [zoznam súborov]
kfreebsd-amd64 371.1 kB2,559.0 kB [zoznam súborov]
kfreebsd-i386 419.9 kB2,819.0 kB [zoznam súborov]
mips 390.8 kB3,238.0 kB [zoznam súborov]
mips64el 387.0 kB3,212.0 kB [zoznam súborov]
mipsel 402.8 kB3,242.0 kB [zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port) 380.2 kB3,227.0 kB [zoznam súborov]
ppc64el 381.4 kB3,035.0 kB [zoznam súborov]
riscv64 (neoficiálny port) 370.8 kB1,863.0 kB [zoznam súborov]
s390x 332.9 kB2,703.0 kB [zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port) 309.3 kB2,355.0 kB [zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port) 361.4 kB2,319.0 kB [zoznam súborov]