Balík: salmon (0.12.0+ds1-1 a iné)

[ Zdroj: salmon  ]

wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data

Salmon is a wicked-fast program to produce a highly-accurate, transcript-level quantification estimates from RNA-seq data. Salmon achieves is accuracy and speed via a number of different innovations, including the use of lightweight alignments (accurate but fast-to-compute proxies for traditional read alignments) and massively-parallel stochastic collapsed variational inference. The result is a versatile tool that fits nicely into many different pipelines. For example, you can choose to make use of the lightweight alignments by providing Salmon with raw sequencing reads, or, if it is more convenient, you can provide Salmon with regular alignments (e.g. computed with your favorite aligner), and it will use the same wicked-fast, state-of-the-art inference algorithm to estimate transcript-level abundances for your experiment.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom salmon

• dep: libboost-chrono1.67.0

  reprezentácia doby trvania, časového bodu a hodín v C++

• dep: libboost-filesystem1.67.0

  operácie so súborovým systémom (portabilné cesty, prechádzanie adresárov atď.) v C++

• dep: libboost-iostreams1.67.0

  knižnica Boost.Iostreams

• dep: libboost-program-options1.67.0

  knižnica volieb programu pre C++

• dep: libboost-regex1.67.0 (>= 1.67.0-10)

  knižnica regulárnych výrazov pre C++

• dep: libboost-system1.67.0

  knižnica operačného systému (napr. podpora diagnostiky)

• dep: libboost-timer1.67.0

  hodiny a časovače procesov CPU pre C++

• dep: libbz2-1.0

  kvalitná knižnica na komprimáciu súborov s triedením blokov - dynamická knižnica

• dep: libc6 (>= 2.14)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libdivsufsort3 (>= 2.0.1)

  fast suffix array construction

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4)

  podporná knižnica GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  podporná knižnica GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libjemalloc2 (>= 5.0.0)

  škálovateľná paralelizovateľná implementácia malloc(3) na všeobecné účely

• dep: libjs-sphinxdoc (>= 1.0)

  podpora JavaScriptu v dokumentácii Sphinx

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20110809)

  komprimačná knižnica formátu XZ

• dep: libstaden-read13

  Staden library for reading and writing DNA sequencing results

• dep: libstdc++6 (>= 7)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: libtbb2 (>= 2017~U7)

  knižnica paralelizmu pre jazyk C++ - dynamické súbory

• dep: sphinx-rtd-theme-common (>= 0.4.2+dfsg)

  téma vzhľadu pre sphinx z readthedocs.org - spoločné súbory

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

Stiahnuť salmon

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	0.12.0+ds1-1+b1	1,322.1 kB	8,746.0 kB	[zoznam súborov]