Balík: hinge (0.5.0-4)

[ Zdroj: hinge  ]

long read genome assembler based on hinging

HINGE is a genome assembler that seeks to achieve optimal repeat resolution by distinguishing repeats that can be resolved given the data from those that cannot. This is accomplished by adding “hinges” to reads for constructing an overlap graph where only unresolvable repeats are merged. As a result, HINGE combines the error resilience of overlap-based assemblers with repeat-resolution capabilities of de Bruijn graph assemblers.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom hinge

• dep: daligner

  objavovanie lokálneho zarovnania medzi dlhými čítaniami postupností nukleotidov

• dep: dascrubber

  alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads

• dep: dazzdb

  manage nucleotide sequencing read data

• dep: libc6 (>= 2.27)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:4.5) [arm64]

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  podporná knižnica GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: python

  interaktívny vysokoúrovňový objektovo orientovaný jazyk (verzia python2)

• dep: python-colormap

  ease manipulation of matplotlib colormaps and color codecs (Python 2)

• dep: python-configparser

  spätný port rozšíreného syntaktického analyzátora konfiguračných súborov predstaveného v Pythone 3.2

• dep: python-matplotlib

  systém v Pythone na vykresľovanie v štýle podobnom Matlabu

• dep: python-networkx

  nástroj na tvorbu, manipuláciu a študovanie komplexných sietí

• dep: python-numpy

  Numerical Python pridáva schopnosti rýchlych polí do jazyka Python

• dep: python-pbcore

  Python 2 library for processing PacBio data files

• dep: python-ujson

  ultrarýchly kodér a dekodér formátu JSON pre Python 2

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

Stiahnuť hinge

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	421.7 kB	2,790.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	384.3 kB	2,646.0 kB	[zoznam súborov]