Balík: libtfbs-perl (0.7.1-2 a iné)

[ Zdroj: libtfbs-perl  ]

scanning DNA sequence with a position weight matrix

The TFBS perl modules comprise a set of routines to interact with the Transfac and Jaspar databases that describe a special family of proteins, the transcription factors. These bind to genomic DNA to initiate (or prevent) the readout of a gene. Once multiple binding sites are known for a transcription factor, these are gathered in a single file and are aligned in order to find position-specific characteristica that might be used to predict such binding events in novel DNA sequences.

If you use TFBS in your work, please cite "Lenhard B., Wasserman W.W. (2002) TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics 18:1135-1136".

Note: the TFBS perl module is no longer under active development. All the functionality can be found in the TFBSTools Bioconductor package; users are highly encouraged to switch. <http://bioconductor.org/packages/TFBSTools/>

Značky: Software Development: Perl Development, Knižnice, Pole: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementované v: C, implemented-in::perl, interface::commandline, Role: Vývojová knižnica, Program

Ostatné balíky súvisiace s balíkom libtfbs-perl

• dep: bioperl

  nástroje jazyka Perl na výpočtovú molekulárnu biológiu

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]

• dep: libdbi-perl

  rozhranie k databáze Perl (DBI)

• dep: libwww-perl

  jednoduché a konzistentné rozhranie k www

• dep: pdl (>= 1:2.019-5+b1)

  perl data language: Perl extensions for numerics

• dep: pdlapi-12

  virtuálny balík poskytovaný balíkom pdl

• dep: perl (>= 5.28.0-3)

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

• dep: perlapi-5.28.0

  virtuálny balík poskytovaný balíkom perl-base

• rec: libgd-gd2-perl

  virtuálny balík poskytovaný balíkom libgd-perl

  alebo libgd-gd2-noxpm-perl

  virtuálny balík poskytovaný balíkom libgd-perl

Stiahnuť libtfbs-perl

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	0.7.1-2+b1	236.9 kB	834.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	0.7.1-2+b1	237.0 kB	834.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	0.7.1-2+b1	236.1 kB	830.0 kB	[zoznam súborov]
i386	0.7.1-2+b1	237.5 kB	838.0 kB	[zoznam súborov]