Balík: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-5)

[ Zdroj: lumpy-sv  ]

general probabilistic framework for structural variant discovery

LUMPY, a novel SV discovery framework that naturally integrates multiple SV signals jointly across multiple samples. LUMPY yields improved sensitivity, especially when SV signal is reduced owing to either low coverage data or low intra-sample variant allele frequency.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom lumpy-sv

• dep: bamkit

  tools for common BAM file manipulations

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.29)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [nie armel, armhf]

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-numpy

  schopnosti rýchlych polí do jazyka Python 3

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• rec: sambamba

  tools for working with SAM/BAM data

Stiahnuť lumpy-sv

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	181.5 kB	631.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	159.7 kB	563.0 kB	[zoznam súborov]
armel	153.3 kB	545.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	161.4 kB	433.0 kB	[zoznam súborov]
i386	198.4 kB	673.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	167.4 kB	720.0 kB	[zoznam súborov]
mipsel	175.8 kB	708.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	183.2 kB	803.0 kB	[zoznam súborov]