Balík: mapdamage (2.2.1+dfsg-1)

[ Zdroj: mapdamage  ]

tracking and quantifying damage patterns in ancient DNA sequences

MapDamage is a computational framework written in Python and R, which tracks and quantifies DNA damage patterns among ancient DNA sequencing reads generated by Next-Generation Sequencing platforms.

MapDamage is developed at the Centre for GeoGenetics by the Orlando Group.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom mapdamage

• dep: libopenblas-dev

  Optimized BLAS (linear algebra) library (dev, meta)

  alebo libblas-dev

  Basic Linear Algebra Subroutines 3 - statická knižnica

  alebo libatlas-base-dev

  ATLAS (automaticky ladený softvér lineárnej algebry) - všeobecná statická verzia

  alebo libblas.so

  virtuálny balík poskytovaný balíkom libatlas-base-dev, libblas-dev, libblis-openmp-dev, libblis-pthread-dev, libblis-serial-dev, libopenblas-openmp-dev, libopenblas-pthread-dev, libopenblas-serial-dev

• dep: libopenblas-dev

  Optimized BLAS (linear algebra) library (dev, meta)

  alebo liblapack-dev

  knižnica rutín lineárnej algebry, verzia 3 - statická verzia

  alebo libatlas-base-dev

  ATLAS (automaticky ladený softvér lineárnej algebry) - všeobecná statická verzia

  alebo liblapack.so

  virtuálny balík poskytovaný balíkom libatlas-base-dev, liblapack-dev, libopenblas-openmp-dev, libopenblas-pthread-dev, libopenblas-serial-dev

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: r-base-core

  jadro GNU R na štatistické výpočty a grafický systém

• dep: r-cran-gam

  Generalized Additive Models for R

• dep: r-cran-ggplot2

  implementácia Gramatiky grafiky

• dep: r-cran-inline

  GNU R package to inline C, C++, Fortran functions from R

• dep: r-cran-rcpp

  balík GNU R na hladkú integráciu R a C++

• dep: r-cran-rcppgsl

  GNU R package for integration with the GNU GSL

• dep: seqtk

  Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format

Stiahnuť mapdamage

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
all	41.5 kB	191.0 kB	[zoznam súborov]