[ Zdroj: parsnp ]
Balík: parsnp (1.7.4+dfsg-2)
Odkazy pre parsnp
Zdroje Debian:
Stiahnuť zdrojový balík parsnp:
Správcovia:
- Debian Med Packaging Team (Stránka QA, Konferencia)
- Andreas Tille (Stránka QA)
- Étienne Mollier (Stránka QA)
Externé zdroje:
- Domovská stránka [harvest.readthedocs.org]
Podobné balíky:
rapid core genome multi-alignment
Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.
Ostatné balíky súvisiace s balíkom parsnp
|
|
|
|
-
- dep: fasttree
- phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
-
- dep: harvest-tools
- archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf]
- podporná knižnica GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- podporná knižnica GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)
- multiple alignment library for protein sequences
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- štandardná knižnica C++ GNU v3
-
- dep: mummer
- Efficient sequence alignment of full genomes
-
- dep: phipack
- PHI test and other tests of recombination
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: python3-biopython
- Python3 library for bioinformatics
-
- dep: python3-numpy
- schopnosti rýchlych polí do jazyka Python 3
-
- dep: raxml
- Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees
-
- rec: python3-dendropy
- DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
Stiahnuť parsnp
| Architektúra | Veľkosť balíka | Nainštalovaná veľkosť | Súbory |
|---|---|---|---|
| amd64 | 191.3 kB | 1,920.0 kB | [zoznam súborov] |
| arm64 | 181.8 kB | 1,920.0 kB | [zoznam súborov] |
| armel | 175.5 kB | 1,919.0 kB | [zoznam súborov] |
| armhf | 171.7 kB | 1,855.0 kB | [zoznam súborov] |
| i386 | 194.3 kB | 1,931.0 kB | [zoznam súborov] |
| mips64el | 193.9 kB | 1,994.0 kB | [zoznam súborov] |
| mipsel | 193.6 kB | 1,992.0 kB | [zoznam súborov] |
| ppc64el | 205.6 kB | 1,984.0 kB | [zoznam súborov] |
| s390x | 175.4 kB | 1,920.0 kB | [zoznam súborov] |