Пакет: idba-extra (1.1.3-8)

[ Источник: idba  ]

iterative De Bruijn Graph short read assemblers (extra tools)

IDBA stands for iterative de Bruijn graph assembler. In computational sequence biology, an assembler solves the puzzle coming from large sequencing machines that feature many gigabytes of short reads from a large genome.

This package provides several flavours of the IDBA assembler, as they all share the same source tree but serve different purposes and evolved over time.

IDBA is the basic iterative de Bruijn graph assembler for second-generation sequencing reads. IDBA-UD, an extension of IDBA, is designed to utilize paired-end reads to assemble low-depth regions and use progressive depth on contigs to reduce errors in high-depth regions. It is a generic purpose assembler and especially good for single-cell and metagenomic sequencing data. IDBA-Hybrid is another update version of IDBA-UD, which can make use of a similar reference genome to improve assembly result. IDBA-Tran is an iterative de Bruijn graph assembler for RNA-Seq data.

This package ships extra tools for using idba in specific situations.

Другие пакеты, относящиеся к idba-extra

• dep: idba

  iterative De Bruijn Graph short read assemblers

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, i386]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

Загрузка idba-extra

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	388,3 Кб	2 506,0 Кб	[список файлов]
arm64	334,5 Кб	2 686,0 Кб	[список файлов]
armel	309,9 Кб	2 599,0 Кб	[список файлов]
armhf	318,3 Кб	1 959,0 Кб	[список файлов]
i386	417,6 Кб	2 523,0 Кб	[список файлов]
mips64el	397,7 Кб	3 665,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	400,1 Кб	3 390,0 Кб	[список файлов]
s390x	351,9 Кб	2 538,0 Кб	[список файлов]