Пакет: soapsnp (1.03-5 и другие)

[ Источник: soapsnp  ]

resequencing utility that can assemble consensus sequence of genomes

For getting ideas on the cause of diseases or their response to therapy, and for understanding either for a particular patient, doctors around the globe are starting to look at the genes or the whole genome and how that sequence is different from a healthy / well responding individual.

SOAPsnp is a member of the SOAP (Short Oligonucleotide Analysis Package). The program is a resequencing utility. It assembles the consensus sequence for the genome of a newly sequenced individual based on the alignment of the raw sequencing reads on a known reference. SNPs can then be identified on the consensus sequence through the comparison with the reference.

SOAPsnp uses a method based on Bayes' theorem (the reverse probability model) to call consensus genotype by carefully considering the data quality, alignment, and recurring experimental errors. All these kinds of information was integrated into a single quality score for each base in PHRED scale to measure the accuracy of consensus calling. Currently, it supports the alignment format of SOAPaligner (soap2).

Другие пакеты, относящиеся к soapsnp

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [не riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  библиотека сжатия

• sug: genomics.cn-soapsnp

  Пакет недоступен

Загрузка soapsnp

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	1.03-5	54,4 Кб	146,0 Кб	[список файлов]
amd64	1.03-5	48,6 Кб	118,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.03-5	43,5 Кб	146,0 Кб	[список файлов]
armel	1.03-5	41,2 Кб	97,0 Кб	[список файлов]
armhf	1.03-5	40,3 Кб	77,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	1.03-5	52,1 Кб	111,0 Кб	[список файлов]
i386	1.03-5	48,6 Кб	117,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	1.03-5	70,3 Кб	205,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	1.03-5	45,8 Кб	113,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.03-5	49,3 Кб	149,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	1.03-5	52,9 Кб	146,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.03-5	52,4 Кб	146,0 Кб	[список файлов]
riscv64	1.03-5+b1	52,2 Кб	95,0 Кб	[список файлов]
s390x	1.03-5	46,8 Кб	122,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	1.03-5	58,3 Кб	145,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	1.03-5	42,1 Кб	1 044,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	1.03-5	50,9 Кб	113,0 Кб	[список файлов]