Пакет: skesa (2.4.0-6 и другие)

[ Источник: skesa  ]

strategic Kmer extension for scrupulous assemblies

SKESA is a DeBruijn graph-based de-novo assembler designed for assembling reads of microbial genomes sequenced using Illumina. Comparison with SPAdes and MegaHit shows that SKESA produces assemblies that have high sequence quality and contiguity, handles low-level contamination in reads, is fast, and produces an identical assembly for the same input when assembled multiple times with the same or different compute resources. SKESA has been used for assembling over 272,000 read sets in the Sequence Read Archive at NCBI and for real-time pathogen detection.

Другие пакеты, относящиеся к skesa

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [не x32]

  библиотека Boost.Iostreams

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [не x32]

  program options library for C++

• dep: libboost-timer1.83.0 (>= 1.83.0) [не x32]

  C++ wall clock and CPU process timers

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libncbi-vdb2 (>= 2.11.2+dfsg) [x32]

  Пакет недоступен

• dep: libncbi-vdb3 (>= 3.0.2+dfsg) [не x32]

  libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives

• dep: libngs-c++3 (>= 3.0.3+dfsg) [не x32]

  Next Generation Sequencing language Bindings (C++ runtime)

• dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-9) [x32]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не x32]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [x32]

  библиотека сжатия

Загрузка skesa

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	2.4.0-6+b2	558,0 Кб	2 350,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.4.0-6+b2	495,0 Кб	2 294,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	2.4.0-4	631,9 Кб	2 448,0 Кб	[список файлов]