Пакет: pscan-tfbs (1.2.2-4 и другие)

[ Источник: pscan-tfbs  ]

search for transcription factor binding sites

Pscan finds Over-represented Transcription Factor Binding Site Motifs in Sequences from Co-Regulated or Co-Expressed Genes.

Pscan is a software tool that scans a set of sequences (e.g. promoters) from co-regulated or co-expressed genes with motifs describing the binding specificity of known transcription factors and assesses which motifs are significantly over- or under-represented, providing thus hints on which transcription factors could be common regulators of the genes studied, together with the location of their candidate binding sites in the sequences. Pscan does not resort to comparisons with orthologous sequences and experimental results show that it compares favorably to other tools for the same task in terms of false positive predictions and computation time. The website is free and open to all users and there is no login requirement.

Другие пакеты, относящиеся к pscan-tfbs

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, m68k, ppc64, sparc64, x32]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.32) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [не armel, armhf, hppa, ia64, m68k, sh4]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1)

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgslcblas0 (>= 2.7.1) [sparc64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

Загрузка pscan-tfbs

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	1.2.2-4+b1	71,5 Кб	214,0 Кб	[список файлов]
amd64	1.2.2-4+b2	69,9 Кб	185,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.2.2-4+b2	62,3 Кб	165,0 Кб	[список файлов]
armel	1.2.2-4+b2	59,4 Кб	164,0 Кб	[список файлов]
armhf	1.2.2-4+b2	59,1 Кб	164,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	1.2.2-4+b1	67,9 Кб	174,0 Кб	[список файлов]
i386	1.2.2-4+b2	75,4 Кб	200,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	1.2.2-4+b1	95,6 Кб	361,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	1.2.2-4+b1	67,7 Кб	180,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.2.2-4+b2	66,2 Кб	235,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	1.2.2-4+b1	71,5 Кб	229,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.2.2-4+b2	72,7 Кб	293,0 Кб	[список файлов]
riscv64 (неофициальный перенос)	1.2.2-4+b2	65,0 Кб	146,0 Кб	[список файлов]
s390x	1.2.2-4+b2	63,7 Кб	185,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	1.2.2-4+b1	83,9 Кб	168,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	1.2.2-4+b1	60,8 Кб	176,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	1.2.2-4+b1	70,0 Кб	180,0 Кб	[список файлов]