Пакет: hhsuite (3.3.0+ds-8 и другие)

[ Источник: hhsuite  ]

sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment

HH-suite is an open-source software package for sensitive protein sequence searching based on the pairwise alignment of hidden Markov models (HMMs).

This package contains HHsearch and HHblits among other programs and utilities.

HHsearch takes as input a multiple sequence alignment (MSA) or profile HMM and searches a database of HMMs (e.g. PDB, Pfam, or InterPro) for homologous proteins. HHsearch is often used for protein structure prediction to detect homologous templates and to build highly accurate query-template pairwise alignments for homology modeling.

HHblits can build high-quality MSAs starting from single sequences or from MSAs. It transforms these into a query HMM and, using an iterative search strategy, adds significantly similar sequences from the previous search to the updated query HMM for the next search iteration. Compared to PSI-BLAST, HHblits is faster, up to twice as sensitive and produces more accurate alignments.

Другие пакеты, относящиеся к hhsuite

• dep: ffindex (>= 0.9.9.8) [hppa, ppc64, sparc64]

  simple index/database for huge amounts of small files

• dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-2) [hppa, ppc64, sparc64]

  sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment (data)

  dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-8) [не hppa, ppc64, sparc64]

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, ppc64, sparc64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, x32]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не hppa, ppc64, sparc64]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [hppa, ppc64, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

Загрузка hhsuite

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	3.3.0+ds-8	10 327,0 Кб	79 946,0 Кб	[список файлов]
amd64	3.3.0+ds-8	53 844,3 Кб	464 795,0 Кб	[список файлов]
arm64	3.3.0+ds-8	10 148,6 Кб	77 878,0 Кб	[список файлов]
armel	3.3.0+ds-8	10 179,6 Кб	77 665,0 Кб	[список файлов]
armhf	3.3.0+ds-8	10 144,3 Кб	75 637,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	3.3.0+ds-2	10 281,4 Кб	77 679,0 Кб	[список файлов]
i386	3.3.0+ds-8	72 219,2 Кб	624 406,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	3.3.0+ds-8	24 380,8 Кб	86 383,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	3.3.0+ds-8	10 253,5 Кб	78 285,0 Кб	[список файлов]
mips64el	3.3.0+ds-8	10 091,0 Кб	79 847,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	3.3.0+ds-2	10 250,3 Кб	79 324,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	3.3.0+ds-8	10 333,8 Кб	79 798,0 Кб	[список файлов]
riscv64	3.3.0+ds-8+b1	10 375,9 Кб	76 735,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	3.3.0+ds-8	10 504,4 Кб	78 760,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	3.3.0+ds-2	10 110,0 Кб	77 955,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	3.3.0+ds-8	10 432,0 Кб	77 929,0 Кб	[список файлов]