Пакет: gmap (2024-02-22+ds-1)

[ Источник: gmap  ]

spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning EST, mRNA and cDNA sequences. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for aligning single-end and paired-end transcriptome reads. Both tools can use a database of

 * known splice sites and identify novel splice sites.
 * known single-nucleotide polymorphisms (SNPs).

GSNAP can align bisulfite-treated DNA.

Теги: Область: Биология, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, Роль: Программа, Цель: Анализ

Другие пакеты, относящиеся к gmap

• dep: libbz2-1.0

  библиотека сжатия по алгоритму Барроуза—Уилера (динамическая версия)

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  библиотека сжатия

Загрузка gmap

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	32 181,7 Кб	253 542,0 Кб	[список файлов]
arm64	6 178,4 Кб	58 874,0 Кб	[список файлов]
armel	4 799,7 Кб	44 079,0 Кб	[список файлов]
armhf	5 380,9 Кб	41 951,0 Кб	[список файлов]
i386	5 503,9 Кб	44 267,0 Кб	[список файлов]
mips64el	5 010,0 Кб	55 483,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	6 434,1 Кб	61 434,0 Кб	[список файлов]
riscv64	6 112,4 Кб	57 230,0 Кб	[список файлов]