Пакет: ariba (2.14.7+ds-2 и другие)

[ Источник: ariba  ]

Antibiotic Resistance Identification By Assembly

ARIBA is a tool that identifies antibiotic resistance genes by running local assemblies. The input is a FASTA file of reference genes and paired sequencing reads. ARIBA reports which of the reference genes were found, plus detailed information on the quality of the assemblies and any variants between the sequencing reads and the reference genes.

Теги: Биология: Нуклеиновые кислоты, Область: Биология, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, Пользовательский интерфейс: Командная строка, Роль: role::program, scope::application, Цель: Анализ

Другие пакеты, относящиеся к ariba

• dep: bowtie2 [не m68k]

  ultrafast memory-efficient short read aligner

  dep: bowtie2 (>= 2.1.0) [m68k]

• dep: cd-hit

  suite of programs designed to quickly group sequences

• dep: fastaq [не m68k]

  FASTA and FASTQ file manipulation tools

  dep: fastaq (>= 3.12.0) [m68k]

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k, mips64el]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

• dep: libfml0 (>= 0.1) [не m68k]

  library for assembling Illumina short reads in small regions

  dep: libfml0 (>= 0.1-4~) [m68k]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libminimap0 (>= 0.2)

  library for approximate mapping of long biosequences

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не m68k]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k]

• dep: mash

  fast genome and metagenome distance estimation using MinHash

• dep: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

  dep: python3 (<< 3.11) [m68k]

  dep: python3 (<< 3.13) [не m68k]

  dep: python3 (>= 3.11~) [не m68k]

  dep: python3 (>= 3.9~) [m68k]

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-bs4 [m68k]

  error-tolerant HTML parser for Python 3

  dep: python3-bs4 (>= 4.1.0) [не m68k]

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

• dep: python3-matplotlib

  Python based plotting system in a style similar to Matlab (Python 3)

• dep: python3-pymummer [не m68k]

  Python 3 interface to MUMmer

  dep: python3-pymummer (>= 0.10.2) [m68k]

• dep: python3-pysam [не m68k]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

  dep: python3-pysam (>= 0.9.1) [m68k]

• dep: python3-tk

  Tkinter - Writing Tk applications with Python 3.x

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

• sug: spades

  genome assembler for single-cell and isolates data sets

Загрузка ariba

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	2.14.7+ds-2	1 907,8 Кб	20 732,0 Кб	[список файлов]
amd64	2.14.7+ds-2	1 909,6 Кб	20 588,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.14.7+ds-2	1 905,1 Кб	20 732,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	2.14.6+ds-2+b1	1 910,0 Кб	20 567,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.14.7+ds-2	1 906,8 Кб	20 740,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.14.7+ds-2	1 909,2 Кб	20 732,0 Кб	[список файлов]
riscv64	2.14.7+ds-2	1 909,0 Кб	20 532,0 Кб	[список файлов]