Пакет: rna-star (2.7.11b+dfsg-1 и другие)

[ Источник: rna-star  ]

ultrafast universal RNA-seq aligner

Spliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR) software based on a previously undescribed RNA-seq alignment algorithm that uses sequential maximum mappable seed search in uncompressed suffix arrays followed by seed clustering and stitching procedure. STAR outperforms other aligners by a factor of >50 in mapping speed, aligning to the human genome 550 million 2 × 76 bp paired-end reads per hour on a modest 12-core server, while at the same time improving alignment sensitivity and precision. In addition to unbiased de novo detection of canonical junctions, STAR can discover non-canonical splices and chimeric (fusion) transcripts, and is also capable of mapping full-length RNA sequences. Using Roche 454 sequencing of reverse transcription polymerase chain reaction amplicons, the authors experimentally validated 1960 novel intergenic splice junctions with an 80-90% success rate, corroborating the high precision of the STAR mapping strategy.

Теги: Биология: Нуклеиновые кислоты, Область: Биология, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Роль: Программа, Цель: use::analysing, works-with::biological-sequence

Другие пакеты, относящиеся к rna-star

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.19) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [не m68k, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [amd64, arm64, mips64el]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.3.1) [x32]

  Пакет недоступен

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [sh4]

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Пакет недоступен

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [x32]

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [не m68k, sh4, x32]

• dep: libhts1 (>= 1.0) [m68k, sh4, x32]

  Пакет недоступен

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [не m68k, sh4, x32]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не m68k, sh4, x32]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 4.9) [sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, x32]

Загрузка rna-star

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	2.7.11b+dfsg-1+b1	3 363,4 Кб	21 608,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.7.11b+dfsg-1+b1	702,8 Кб	2 572,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	2.4.2a+dfsg-1+b1	314,5 Кб	691,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.7.11b+dfsg-1+b1	678,8 Кб	3 000,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.7.11b+dfsg-1+b1	745,0 Кб	2 956,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	2.4.2a+dfsg-1	405,5 Кб	734,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	2.5.2a+dfsg-2	361,0 Кб	797,0 Кб	[список файлов]