Пакет: prime-phylo (1.0.11-13 и другие)

[ Источник: prime-phylo  ]

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Другие пакеты, относящиеся к prime-phylo

• dep: libblas3

  реализация алгоритмов линейной алгебры — библиотека

  или libblas.so.3

  виртуальный пакет, предоставляемый libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

  C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)

• dep: libboost-mpi1.83.0 (>= 1.83.0) [не x32]

  C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

  serialization library for C++

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0) [не x32]

  serialization library for C++

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa, m68k]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [не alpha, hppa, ia64, loong64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 14.2.0-9+b1) [loong64]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: liblapack3

  библиотека подпрограмм линейной алгебры вер. 3 — динамическая версия

  или liblapack.so.3

  виртуальный пакет, предоставляемый libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libopenmpi40 (>= 5.0.6) [не hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, m68k, sh4]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [не alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 14.2.0-8) [alpha]

• dep: libunwind8 [ia64]

  библиотека для выявления цепочки вызовов функций в программе

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  библиотека для работы с XML (GNOME)

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• sug: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• sug: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• sug: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• sug: njplot

  phylogenetic tree drawing program

• sug: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• sug: probalign

  multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities

• sug: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• sug: raxml

  синтез филогенетических деревьев по методу максимального правдоподобия

• sug: treeviewx

  Displays and prints phylogenetic trees

Загрузка prime-phylo

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	1.0.11-13+b1	742,4 Кб	3 598,0 Кб	[список файлов]
amd64	1.0.11-13+b1	825,4 Кб	3 160,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.0.11-13+b1	727,5 Кб	3 319,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	1.0.11-11	818,0 Кб	3 309,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	1.0.11-11	892,6 Кб	5 266,0 Кб	[список файлов]
loong64 (неофициальный перенос)	1.0.11-13+b1	762,4 Кб	3 029,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	1.0.11-11	789,0 Кб	2 992,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.0.11-13+b1	712,7 Кб	3 703,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	1.0.11-13+b1	802,8 Кб	4 088,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.0.11-13+b1	808,5 Кб	3 767,0 Кб	[список файлов]
riscv64	1.0.11-13+b1	794,1 Кб	2 527,0 Кб	[список файлов]
s390x	1.0.11-13+b1	789,2 Кб	3 159,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	1.0.11-11	908,2 Кб	3 255,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	1.0.11-13+b1	650,8 Кб	13 513,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	1.0.11-12	842,2 Кб	2 935,0 Кб	[список файлов]