Пакет: pirs (2.0.2+dfsg-12 и другие)

[ Источник: pirs  ]

Profile based Illumina pair-end Reads Simulator

The program pIRS can be used for simulating Illumina PE reads, with a series of characters generated by Illumina sequencing platform, such as insert size distribution, sequencing error(substitution, insertion, deletion), quality score and GC content-coverage bias.

The insert size follows a normal distribution, so users should set the mean value and standard deviation. Usually the standard deviation is set as 1/20 of the mean value. The normal distribution by Box-Muller method is simulated.

The program simulates sequencing error, quality score and GC content- coverage bias according to the empirical distribution profile. Some default profiles counted from lots of real sequencing data are provided.

To simulate reads from diploid genome, users should simulate the diploid genome sequence firstly by setting the ratio of heterozygosis SNP, heterozygosis InDel and structure variation.

Другие пакеты, относящиеся к pirs

• dep: fonts-liberation

  fonts with the same metrics as Times, Arial and Courier

• dep: gnuplot [x32]

  утилита для построения графиков с интерфейсом командной строки
  также виртуальный пакет, предоставляемый gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: gnuplot-qt [не x32]

  консольная утилита для построения графиков (вывод с помощью Qt)

  или gnuplot

  утилита для построения графиков с интерфейсом командной строки
  также виртуальный пакет, предоставляемый gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [x32]

  Пакет недоступен

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libgzstream0 [x32]

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

  dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg) [не x32]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не x32]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: pirs-profiles

  profile basd Illumina pair-end Reads Simulator (profile data)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  библиотека сжатия

Загрузка pirs

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	2.0.2+dfsg-12	112,4 Кб	424,0 Кб	[список файлов]
amd64	2.0.2+dfsg-12	116,7 Кб	390,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.0.2+dfsg-12	106,7 Кб	422,0 Кб	[список файлов]
armel	2.0.2+dfsg-12	102,8 Кб	352,0 Кб	[список файлов]
armhf	2.0.2+dfsg-12	102,6 Кб	304,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	2.0.2+dfsg-12	115,1 Кб	371,0 Кб	[список файлов]
i386	2.0.2+dfsg-12	122,5 Кб	392,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	2.0.2+dfsg-12	134,5 Кб	566,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	2.0.2+dfsg-12	113,6 Кб	396,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.0.2+dfsg-12	115,4 Кб	432,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	2.0.2+dfsg-12	118,0 Кб	486,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.0.2+dfsg-12	117,0 Кб	422,0 Кб	[список файлов]
riscv64	2.0.2+dfsg-12+b1	112,9 Кб	335,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.0.2+dfsg-12	113,8 Кб	390,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	2.0.2+dfsg-12	127,7 Кб	421,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	2.0.2+dfsg-12	104,6 Кб	2 219,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	2.0.2+dfsg-6	110,1 Кб	377,0 Кб	[список файлов]