Пакет: mafft (7.505-1 и другие)

[ Источник: mafft  ]

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

MAFFT is a multiple sequence alignment program which offers three accuracy-oriented methods:

 * L-INS-i (probably most accurate; recommended for <200 sequences;
   iterative refinement method incorporating local pairwise alignment
   information),
 * G-INS-i (suitable for sequences of similar lengths; recommended for
   <200 sequences; iterative refinement method incorporating global
   pairwise alignment information),
 * E-INS-i (suitable for sequences containing large unalignable regions;
   recommended for <200 sequences),

and five speed-oriented methods:

 * FFT-NS-i (iterative refinement method; two cycles only),
 * FFT-NS-i (iterative refinement method; max. 1000 iterations),
 * FFT-NS-2 (fast; progressive method),
 * FFT-NS-1 (very fast; recommended for >2000 sequences; progressive
   method with a rough guide tree),
 * NW-NS-PartTree-1 (recommended for ∼50,000 sequences; progressive
   method with the PartTree algorithm).

Теги: Биология: Clustal/ALN, Протеины, Область: field::biology, field::biology:bioinformatics, Реализовано на: implemented-in::c, interface::commandline, Роль: Программа, Область: Утилита, Цель: use::comparing, works-with-format::plaintext, Работает с: Биологические последовательности

Другие пакеты, относящиеся к mafft

• dep: libc6 (>= 2.29) [не alpha, ia64, riscv64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.33) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• rec: blast2

  Пакет недоступен

• rec: libwww-perl

  простый и надёжный интерфейс для Всемирной паутины

• rec: lynx

  класcический веб-браузер для текстового режима

• rec: ruby

  Interpreter of object-oriented scripting language Ruby (default version)

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

Загрузка mafft

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	7.505-1	1 032,8 Кб	15 184,0 Кб	[список файлов]
amd64	7.505-1	1 052,5 Кб	11 920,0 Кб	[список файлов]
arm64	7.505-1	911,0 Кб	12 026,0 Кб	[список файлов]
armel	7.505-1	916,0 Кб	12 403,0 Кб	[список файлов]
armhf	7.505-1	765,3 Кб	9 139,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	7.505-1	890,5 Кб	11 092,0 Кб	[список файлов]
i386	7.505-1	983,3 Кб	13 119,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	7.505-1	1 103,2 Кб	24 053,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	7.505-1	968,3 Кб	10 923,0 Кб	[список файлов]
mips64el	7.505-1	873,9 Кб	14 427,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	7.505-1	1 036,3 Кб	16 784,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	7.505-1	1 019,2 Кб	16 336,0 Кб	[список файлов]
riscv64	7.505-1+b1	1 085,5 Кб	9 760,0 Кб	[список файлов]
s390x	7.505-1	891,0 Кб	13 010,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	7.505-1	879,0 Кб	11 959,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	7.505-1	1 056,5 Кб	33 604,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	7.505-1	1 041,3 Кб	11 379,0 Кб	[список файлов]